Ingénieur Pangénomique — NEM et PPanGGOLiN (Genre)

Vous contribuerez à améliorer le modèle et les méthodes de PPanGGOLiN afin de permettre des analyses de pangénomes au niveau du genre, tout en conservant le niveau de détail au niveau de l’espèce.

Objectifs principaux

• Adapter le modèle de données de PPanGGOLiN et les familles de gènes à différents niveaux taxonomiques, notamment espèce et genre.
• Améliorer la méthode de partitionnement NEM (Neighborhood Expectation‑Maximization) implémentée dans PPanGGOLiN.
• Mettre à jour les méthodes panRGP et panModule pour les adapter au nouveau modèle de données, avec un ajustement des paramètres afin de prendre en compte la diversité génomique accrue au niveau du genre.

Profil du candidat

• Master en bioinformatique ou en informatique
• Expertise en algorithmes de bioinformatique (graphes) et en développement logiciel
• Solides compétences en programmation Python ; une expérience en développement C serait également appréciée
• Des connaissances en génomique microbienne et en statistiques seraient un plus

Localisation du poste

Site:

Fontenay-aux-Roses

France, Ile-de-France, Essonne (91)

Ville: EVRY

Critères candidat

Formation recommandée: Master en bioinformatique ou en informatique

Disponibilité du poste

04/05/2026