Ingénieur pour le développement de nouvelles méthodes en pangénomique H/F

Ingénieur pour le développement de nouvelles méthodes en pangénomique H/F

Description du poste

Le poste consiste à améliorer le modèle et les méthodes de PPanGGOLiN pour permettre des analyses de pangénomes au niveau du genre tout en conservant le niveau de détail au niveau de l’espèce.

Objectifs principaux

• Adapter le modèle de données de PPanGGOLiN et les familles de gènes à différents niveaux taxonomiques, notamment espèce et genre.
• Améliorer la méthode de partitionnement NEM (Neighborhood Expectation‑Maximization) implémentée dans PPanGGOLiN.
• Mettre à jour les méthodes panRGP et panModule pour les adapter au nouveau modèle de données, avec un ajustement des paramètres afin de prendre en compte la diversité génomique accrue au niveau du genre.

Profil du candidat

• Master en bioinformatique ou en informatique.
• Expertise en algorithmes de bioinformatique (graphes) et en développement logiciel.
• Solides compétences en programmation Python ; expérience en développement C appréciée.
• Connaissances en génomique microbienne et en statistiques un plus.

Localisation

Fontenay-aux-Roses

Description de l'unité

Implanté sur le site d'Évry, l'Institut JACOB s'inscrit pleinement dans la stratégie scientifique de la DRF, en participant activement au projet PanGaimix qui vise à exploiter l'intelligence artificielle pour améliorer la microbiologie computationnelle à grande échelle à l'aide de graphes de pangénomes. Nous recrutons un(e) ingénieur(e) pour rejoindre notre équipe et contribuer au développement de PPanGGOLiN afin de permettre des analyses au niveau du genre.

Entité de rattachement

Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat. Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe.

Valeurs fondamentales

• La conscience des responsabilités
• La coopération
• La curiosité