Ingénieur ou ingénieure d'étude en bioinformatique (H/F)

Missions

Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui combine des approches numériques et expérimentales pour exploiter la diversité des levures et valoriser des co‑produits agroalimentaires par fermentation. La personne sera en charge de l’annotation structurelle puis fonctionnelle des fonctions enzymatiques de génomes de levures, et de leur interprétation en voies métaboliques d’intérêt. Ces méthodes seront appliquées à une sélection de plusieurs centaines de souches de levures sélectionnées par le consortium du projet.

Responsabilités

• Prédiction de la capacité de levures à produire des composés métaboliques d’intérêt à partir de leurs génomes.
• Annotation structurelle et fonctionnelle de génomes de levures d’intérêt.
• Reconstruction de voies métaboliques correspondant aux dérivés du tryptophane et identification des meilleures souches capables de les produire.

Contexte de travail

Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui vise à développer des alternatives biotechnologiques durables à la synthèse chimique pétro‑sourcée pour produire des métabolites à haute valeur ajoutée comme la mélatonine ou la sérotonine. Le projet repose sur l’analyse de génomes de levures, le développement de procédés de fermentation à partir de biomasses résiduelles, et un cas d’usage axé sur la valorisation des co‑produits de la vigne et du vin. L’ambition est de créer une chaîne complète, de la biodiversité microbienne à la transformation de déchets en produits à valeur ajoutée, avec des méthodes transférables à d’autres filières.

La personne recrutée devra s’intégrer dans le projet en collaborant avec les ingénieurs et doctorants bioinformaticiens du projet (laboratoire IRISA, équipe Biographs/Dyliss), les membres de la plateforme bioinformatique GenOuest pour les calculs, et les partenaires biologistes et chimistes du consortium.

La personne devra aussi participer aux événements annuels du PEPR BBEST pour partager ses réalisations avec l’ensemble des projets du PEPR.

Profil recherché

• Connaissances avancées en bioinformatique.
• Assemblage et annotation de génomes.
• Biologie moléculaire.
• Implémentation et mise à production de pipelines bioinformatiques.
• Connaissances en machine learning.
• Expertise en annotations structurelle et fonctionnelle de génomes.
• Programmation (Python).