Ingénieur-e d’études – développement de workflow pour la génomique comparative (H/F)

Missions

La personne recrutée aura pour mission de développer de nouvelles solutions informatiques pour construire des familles de gènes et reconstruire leur histoire évolutive à partir de données de syntenie et d’évolution moléculaire. La personne recrutée exécutera les calculs nécessaires pour maintenir à jour le portail ATLASea avec les données de génomique comparative issues d’outils existants et des nouveaux outils développés.

Activités

• Mettre en place des solutions innovantes (modèle de données, logiciels publiés) pour répondre aux challenges technologiques de comparaison de milliers de génomes eucaryotes annotés
• Participer au développement de nouvelles méthodes bioinformatiques avec les chercheurs de l'équipe
• Développer les workflows d'analyse avec une parallélisation des tâches sur un cluster de calcul (HPC)
• Collaborer avec les différents acteurs du projet ATLASea, pour favoriser une qualité et une reproductibilité optimales des données et leur mise à disposition auprès de la communauté internationale.
• Organiser, préparer et maintenir des pipelines d'analyse de données bioinformatiques selon les principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable)
• Structurer et gérer le stockage à long terme des données de génomique comparative en collaboration avec les partenaires du projet BYTE‑Sea.
• Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines de la génomique et de la bioinformatique / biologie computationnelle.
• Participer à la diffusion et valorisation des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales

Contexte de travail

L’ingénieur.e recruté.e travaillera au sein du programme PEPR ATLASea, dont les objectifs sont d’échantillonner, séquencer et analyser les génomes de 4 500 espèces marines des côtes françaises avec une forte couverture des espèces de métropole et incluant des espèces des territoires ultramarins. Piloté par le CNRS et le CEA et financé pour 8 ans, ATLASea est un consortium de 7 institutions et 5 fédérations et infrastructures de recherche rassemblant environ 80 ingénieur.e.s et chercheur.e.s. Le poste intervient dans le projet ciblé BYTE‑Sea, qui développe l’infrastructure informatique d’ATLASea et les outils de traitement et d’analyse des données mises à disposition de la communauté internationale. L’ingénieur.e recruté.e travaillera au sein de l’équipe DYOGEN (Dynamique et Organisation des Génomes) à l’Institut de Biologie de l’École normale supérieure (IBENS), institut de recherche fondamentale multidisciplinaire dans le 5 ème arrondissement de Paris.

Profil recherché

Compétences

• Niveau BAC+5 en bioinformatique avec une forte composante développement de workflow et système de production
• Bonne communication en français et en anglais, capacités d'écoute, force de proposition, goût pour le travail en équipe
• Des connaissances sur les principes de l’évolution des génomes et la génomique comparative seraient un plus

Compétences et qualités requises

• Parallélisation de calculs sur systèmes HPC
• Excellente maîtrise d’un langage de programmation
• Connaissance des systèmes d'exploitation Linux/Unix
• Connaissance et pratique de l'intégration continue, la distribution continue et le déploiement continu
• Connaissance des outils et technologies de type GitLab CI, Docker, etc.
• Maîtrise de la création de pipelines d'analyse de données (snakemake, nextflow…) .
• Notions des principes FAIR pour l'analyse et la gestion des données et le développement logiciel.
• Maîtrise de l’anglais lu, écrit et parlé

Savoir‑être

• Rigueur analytique.
• Excellent sens de l'organisation.
• Autonomie dans la planification et la gestion des activités.
• Capacité de raisonnement analytique et scientifique.
• Aisance relationnelle et à travailler en équipe.

Contraintes et risques

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que la personne recrutée soit autorisée par l'autorité compétente (FSD).