Ingénieur-e en développement d'outils pour l'évaluation génomique

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l'unité mixte de recherche INRAE/AgroParisTech Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), dont les recherches visent à comprendre et exploiter la variabilité génétique des animaux pour analyser la construction des phénotypes d'intérêt en élevage, les interactions avec les écosystèmes microbiens et l'environnement au sens large, dans un contexte de transition agroécologique. L'unité compte 115 permanents. Vous intégrerez une équipe pluridisciplinaire, spécialisée en génétique et génomique bovine (GBOS), regroupant des chercheurs et personnels techniques, travaillant sur des données à grande échelle issues de dispositifs expérimentaux et de terrain. L'unité est rattachée à l'Université Paris-Saclay et est membre de l'Institut Sciences Animales Paris-Saclay.

Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :

Développement méthodologique et informatique

• Identifier et prendre en main les outils et logiciels existants
• Développer de nouveaux outils pour intégrer des données complexes (annotation des variants, microbiote, épigénétique, environnement)
• Mettre en œuvre des solutions adaptées à des volumes de données importants

Analyse de données et modélisation

• Exploiter des jeux de données variés (phénotypes, génotypes, pedigrees, données environnementales)
• Implémenter des évaluations génomiques intégrant différentes sources d'information
• Évaluer les performances des modèles en termes de précision des prédictions

Travail collaboratif et valorisation scientifique

• Collaborer avec les membres de l'équipe et les partenaires scientifiques et techniques
• Contribuer aux réflexions méthodologiques et aux projets de recherche de l'équipe

Formations et compétences recherchées

• Formation supérieure avec solides compétences en génétique quantitative, génétique statistique, biostatistique ou bioinformatique
• Expérience en développement d'outils ou en analyse de données génétiques à grande échelle souhaitée
• Maîtrise des méthodes de génétique quantitative et/ou statistique
• Développement d'outils informatiques (langages tels que C, Fortran, R, SAS…)
• Implémentation d'analyses d'association et d'évaluations génomiques
• Gestion et analyse de bases de données complexes
• Maîtrise de l'anglais à un niveau B2

Savoir-faire

• Capacité à travailler en équipe et en interaction avec des partenaires
• Rigueur et sens de l'organisation
• Esprit d'analyse et de synthèse

Espace de neutralité et principes de laïcité

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. À ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.