Ingénieur de recherche en bio-informatique (H/F)

Ingénieur de recherche en bio-informatique F/H

Lieu 45100 Orléans France

Type du poste Autre

Entreprise

Entreprise

Établissement d'enseignement supérieur, l'Université d'Orléans est présente sur 7 sites en région Centre Val de Loire. Elle compte 19 000 étudiant.e.s, 141 diplômes nationaux, 2000 personnels et 24 unités de recherche.

Lieu d’exercice : CHU d'Orléans la Source

Prise de poste : Poste à pourvoir à partir du 1 octobre 2026

Type de contrat/Statut : Catégorie A (IGR), ouvert aux titulaires et aux contractuels

Dans l’équipe Infections Persistantes et Inflammation Chronique (IPIC) du Laboratoire Interdisciplinaire pour l’Innovation et la recherche en Santé Orléanais (LI 2 RSO) de l’Université d’Orléans, localisée au CHU d’Orléans, votre mission sera de contribuer à la recherche en bactériologie-virologie par des développements bio-informatiques.

Activités principales

Analyse et traitement des données

• Analyser les données générées par les activités de séquençage haut débit (Next Generation Sequencinq, NGS) en développant des outils bioinformatiques ajustés à chaque question biologique (génétique des populations, évolution moléculaire, phylogénétique…)
• Définir un plan d’étude et de recueil des données le plus adapté au problème posé
• Interpréter les résultats et avoir le regard critique sur les données générées dans le contexte de la recherche
• Gérer les bases de données, y compris les données de santé et les systèmes d’information pour stocker et partager les données

Développement et maintenance des applications bio-informatique

• Développer et maintenir les applications bio-informatiques et gérer les outils et les équipements nécessaires
• Assurer la veille scientifique et technologique dans son domaine d’activité
• Participer aux développements bio-informatiques translationnels
• Fournir une expertise informatique et technique

Gestion des projets bio-informatiques

• Assurer la mise en place, la gestion et la coordination des projets bio-informatiques
• Contribuer à l’obtention de financements de recherche
• Collaborer avec les chercheurs pour intégrer les résultats des analyses dans les projets de recherche
• Participer aux différentes réunions en lien avec l’activité
• Participer à la formation et à l’encadrement d’étudiants et stagiaires (master, doctorants et chercheurs postdoctoraux)
• Assurer la sauvegarde des données
• Réaliser des rapports et des présentations pour communiquer les résultats
• Participer à la rédaction des publications scientifiques

Profil recherché

Formation et expérience professionnelle

Formation Doctorat en bio-informatique, ou diplôme d’ingénieur en bio-informatique ou équivalent.

Expertise en bio-informatique, notamment en analyse de données biologiques, en génomique (idéalement génomique microbienne), etc

Expertise en informatique, notamment en programmation (Python, R, Java, etc), en base de données, en synthèses d’information

Maîtrise de l’environnement Linux

Maîtrise des outils BLAST, GenBank, etc

Maîtrise des outils statistiques en bio-statistiques

Connaissance approfondie sur les technologies de séquençage à haut débit (NGS) et les données qu’elles génèrent

Connaissance en biologie moléculaire, en génomique microbienne et en microbiologie clinique

Maîtrise de l’anglais (écrit et parlé) B2 à C1

Compétences et qualités requises

Expertise scientifique et technique avec esprit d’analyse

Capacité à travailler en équipe et à communiquer efficacement les résultats des analyses

Capacité à gérer les priorités et les délais pour réaliser les projets de recherche

Capacité à apprendre et à s'adapter aux nouvelles technologies et aux nouveaux outils bio-informatiques

Capacité à résoudre les problèmes et à trouver des solutions créatives

Capacité à évaluer les résultats des analyses et à les interpréter dans le contexte de la recherche

Participer aux différentes réunions en lien avec l’activité

Capacité à rédiger des rapports et participer à la rédaction d’articles scientifiques pour présenter les résultats des recherches

Capacité à présenter les résultats des recherches à des auditoires variés (chercheurs, étudiants, professionnels de la santé, etc.)

Respect des règles d’hygiène et de sécurité et maîtrise des risques

Devoir de réserve, confidentialité et aptitude à porter les valeurs de la structure

Une université européenne, des valeurs partagées, un plan égalité professionnelle femme/homme, diversité et non-discrimination, inclusion, qualité de vie au travail et engagement dans la transition écologique

• Un cadre de travail respectueux de l’équilibre vie professionnelle et vie personnelle :
• Développement de ses compétences à travers une large offre de formation
• Accompagnement des personnes en situation de handicap et adaptation des postes de travail
• Télétravail possible selon nécessité et organisation du service (1 à 2 jours/ semaine)
• 57 jours de congés annuels - dont 10 jours de RTT - pour un temps plein actif dès la prise de poste

Et des avantages …

• Activités sportives et culturelles
• Forfait mobilité durable (vélo, covoiturage)
• Prise en charge partielle des transports
• Aides et prestations d’actions sociales : aide à la famille, aux vacances et séjours pour enfants,
• Aides aux parents d’enfants en situation d’handicap

Adhésion obligatoire à un contrat collectif santé* avec prise en charge partielle par l'employeur

Adhésion facultative à un contrat collectif de prévoyance avec prise en charge partielle par l'employeur

*sauf cas de dispense prévues par le décret n° du 22 avril 2022