Ingénieur bioinformaticien: analyse des fonctions des lncRNA (H/F)
Missions
Implémentation et utilisation de méthodes d'analyse de données RNA-seq et RIP-seq pour étudier les fonctions des lnc
RNA de plantes.
Activités- Mettre en place des pipelines d'analyse de données NGS (RNA-seq et RIP-seq)
- Contribuer au développement de nouveaux outils pour l'analyse RNA-seq sans référence
- Comparer des données transcriptome/RIP-seq inter-espèces
- Assurer le respect des principes FAIR des procédures informatiques
- Bonne comprehension de la biologie du RNA-seq
- Maîtrise des outils d'analyse NGS (genome/transcriptome/interactome)
- Maîtrise des langages Python et R
- Maîtrise d'au moins un gestionnaire de workflow
- Bonnes pratiques de bioinformatique
- Anglais niveau B1
- Sens du relationnel et de la communication
- Curiosité, dynamisme,
- Capacité à gérer de nombreuses interactions et à travailler sur des projets variés.
Contexte de travail
Dans le cadre d'un projet financé par l'ANR avec l'Institut des Sciences des Plantes Paris-Saclay (IPS2), nous étudions les fonctions des lnc
RNA végétaux au niveau moléculaire (role dans l'épissage, fixation aux protéines) et biologique (role dans la resistance à la sécheresse). A cette fin, nous disposerons de données RNA-seq et RIP-seq pour différentes espècesde plantes. Nous utiliserons des méthodes bioinformatiques conventionnelles, mais également des méthodes par k-mers pour identifier de nouveaux gènes et isoformes impliqués dans les phénotypes étudiés, et pour étudier la conservation de motifs de reconnaissance protéiques dans des régions globalement non conservées.
L'I2BC est un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire situé dans un cadre agréable à 25km de Paris (Gif sur Yvette). Notre équipe (Biologie computationnelle des génomes) fait partie du département de Biologie des Génomes. L'environnement bioinformatique local est très riche: forum de discussion, séminaires et formations en bioinformatique, plateforme bioinformatique et centre de calcul de haute performance.
Contraintes et risques
Travail sur poste informatique
