Ingénieur / Ingénieure de recherche scientifique (H/F)

Mission :
La personne recrutée aura comme première mission d'assurer l'organisation, le stockage et le partage des données des projets ALIQUOT et DIET. Cela concerne principalement des données de séquençage (eg. Illumina et Nanopore) mais aussi des données de terrain. Sur ce second aspect, la personne recrutée interagira avec d'autres initiatives nationales sur le partage et la standardisation des données d'écologie moléculaire (OneWater PC8, PatriNat).

La deuxième mission concerne la construction de pipelines bioinformatiques pour l'analyse de données en génomique environnementale (principalement métabarcoding, métagénomique, métatranscriptomique). La personne recrutée aura en charge la mise en place et la mise à disposition de ces pipelines suivant les principes FAIR. Ce travail se fera en grande partie en soutien de l'activité des doctorant.es et post-doctorant.es des projets ALIQUOT et DIET. La personne recrutée sera aussi chargée de la mise en place d'un pipeline de préparation automatisé et versionné de bases de données de références taxonomiques moléculaires.

Activités :
- Responsable de la gestion de données de séquençage (formatage, métadonnées, stockage, soumission à des bases de données publiques)
- Responsable de la construction, harmonisation et optimisation de pipelines bioinformatiques
- Accompagnement et formation des membres des projets ALIQUOT et DIET vers la FAIRisation des données et procédures bioinformatiques
- Soutien aux analyses de bioinformatique en génomique environnementale : basecalling, data mining, assemblage, annotation, assignation…
- Participation à l'animation des projets ALIQUOT et DIET
- Participation à l'évolution des Plans de Gestion de Données des projets ALIQUOT et DIET