Étude de l'architecture atypique des NRPS impliquées dans la biosynthèse des pyrrolamides en vu[...]

Organisation / Company

Université Paris‑Saclay GS Life Sciences and Health Research Field Biological sciences

Profile: Recognised Researcher (R2), Leading Researcher (R4), First Stage Researcher (R1), Established Researcher (R3)

Application Deadline: 22 Mar 2026 - 22:00 (UTC)

Country: France

Type of Contract: Temporary Job

Status: Full‑time

Is the job funded through the EU Research Framework Programme? No

Is the job related to staff position within a Research Infrastructure? No

Offer Description

Contexte: Les métabolites spécialisés, produits par des micro‑organismes ou des plantes, jouent des rôles écologiques majeurs (compétition, communication, signalisation) et présentent un intérêt médical (antibiotiques, anticancéreux, etc.) ou agricole (antifongique...). Parmi eux, les pyrrolamides (ex. : congocidine, distamycine) sont synthétisés par des NRPS (Non‑Ribosomal Peptide Synthetases), des enzymes modulaires responsables de l’assemblage de peptides complexes. Contrairement à la plupart des NRPS organisées en modules fusionnés (architecture canonique), les NRPS des pyrrolamides sont composées de domaines ou modules discrets, une organisation rare et mal comprise.

Problématique: Une étude récente sur les PKS (polycétide synthases) suggère qu’une structure en petites sous‑unités favorise la production de métabolites. Cette découverte soulève la question : l’architecture atypique des NRPS des pyrrolamides optimise‑t‑elle leur biosynthèse ? Comprendre les mécanismes moléculaires régissant les interactions entre leurs sous‑unités pourrait ouvrir de nouvelles perspectives pour la biologie de synthèse des NRPS.

Objectifs:

• Reconstituer une architecture canonique de la NRPS produisant la congocidine, en fusionnant progressivement les domaines/modules discrets et en évaluant l’impact de ces fusions sur la production de congocidine dans un hôte hétérologue.
• Identifier les régions d’interaction entre sous‑unités de la NRPS produisant la congocidine, par une combinaison d’approches in vivo (biosynthèse combinatoire), in vitro (empreinte protéique par spectrométrie de masse) et in silico (modèles structuraux, co‑évolution). Les résidus identifiés comme critiques seront validés par des mutagénèses ciblées.
• Analyser la localisation cellulaire de la NRPS de la congocidine dans les hyphes de Streptomyces ambofaciens via imagerie de fluorescence (protéines de fusion fluorescentes ou marquage HaloTag).

Signification: Ce projet vise à élucider les liens entre l’architecture enzymatique, les interactions protéine‑protéine et l’efficacité biosynthétique, avec des applications potentielles pour l’ingénierie des NRPS et la production optimisée de composés bioactifs.

English Overview

Context: Specialised metabolites produced by microorganisms or plants play major ecological roles and have medical or agricultural interest. Among these, pyrrolamides such as congocidine or distamycin are synthesized by NRPSs. Unlike most NRPSs, which are organised as fused modules, pyrrolamide NRPSs are composed of discrete domains or modules, a rare organisation.

Hypothesis: A recent study on PKSs suggests that an arrangement into small sub‑units favours metabolite production, raising the question: does the atypical architecture of pyrrolamide NRPSs optimise their biosynthesis?

Objectives:

• Reconstruct a canonical architecture of the congocidine‑producing NRPS by progressively fusing its discrete domains/modules and assessing the impact on production in a heterologous host.
• Identify interaction regions between sub‑units using in vivo, in vitro and in silico approaches; validate key residues by targeted mutagenesis.
• Analyse the cellular localisation of the NRPS in Streptomyces ambofaciens hyphae using fluorescence imaging.

Significance: The project aims to elucidate links between enzymatic architecture, protein–protein interactions and biosynthetic efficiency, with potential applications in NRPS engineering.

Additional Information

Work Location(s)

Number of offers available: 1

Company/Institute: Université Paris‑Saclay GS Life Sciences and Health

Country: France

City: Gif‑sur‑Yvette

Funding Category

Contrats ED: Programme blanc GS‑LSaH

Start of Thesis

01/10/2026