Contrat doctoral : Exploiter les atouts de 4 espèces de mammifères pour rechercher des anomalie[...]

Présentation INRAE

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) dans l’équipe GENESIS (Mécanismes génétiques et épigénétiques de la genèse des phénotypes) au sein de l’unité GenPhySE (Génétique Physiologie et Systèmes d’Elevage). L’équipe GENESIS s’intéresse aux déterminismes moléculaires de la variabilité phénotypique d’espèces d’élevage, monogastriques et petits ruminants, et à leur transmission entre générations pour des caractères d’intérêt agronomique notamment en lien avec la santé, le bien‑être et l’adaptation aux conditions environnementales. Nos travaux tirent parti des outils innovants de la génomique, de la génétique translationnelle, et de la biologie moléculaire et cellulaire.

Vous serez particulièrement en charge de

• Une étude multi‑espèces de la cryptorchidie.

La cryptorchidie, qui touche de nombreuses espèces mammifères, a une origine génétique (OMIA: ) et a été décrite chez chacune des espèces ciblées par ce projet : bovins, ovins, caprins et porcins. Des résultats préliminaires suggèrent un déterminisme génétique monogénique chez les ovins et polygénique chez les porcs.

Nous souhaitons compléter et renforcer ces études avec 2 tâches :

• Tâche 1 : Élargissement de la collecte d’échantillons et du phénotypage. Ce travail permettra d’augmenter la puissance du dispositif et la précision du phénotypage, notamment chez les porcs où il y a pu avoir confusion avec l’intersexualité.
• Tâche 2 : Génomique comparative et validation fonctionnelle. Le doctorant effectuera une analyse génomique comparative sur les quatre espèces afin de déterminer si les régions significatives identifiées dans les études GWAS sont (i) orthologues, (ii) si les régions orthologues contiennent des gènes appartenant à des voies de signalisation ou à des réseaux génétiques communs. Un séquençage ciblé sera ensuite effectué.

Une stratégie de génétique inverse sans a priori

• Tâche 1 : Identification des haplotypes délétères à l’aide du génotypage SNP. Cette approche a été utilisée avec succès chez les bovins laitiers (Fritz et al., 2013) puis sur les brebis laitières (Ben Braiek et al., 2021) et sera étendue aux races régionales de bovins allaitants, d’ovins allaitants, de chèvres ou de porcs.
• Tâche 2 : Détection des variants délétères par séquençage comparatif du génome entier. Nous utiliserons le processus décrit dans (Daetwyler et al., 2014) avec des données WGS pour extraire les variants délétères annotés affectant les mêmes gènes chez au moins deux des quatre espèces étudiées.

Prévoir quelques déplacements et courts séjours entre les deux centres INRAE de Jouy‑en‑Josas, Toulouse et Rennes (IFIP).

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandée : Master ou équivalent (Bac +5) en génétique, génomique et/ou bio‑informatique. Connaissances souhaitées : génétique et génomique chez les eucaryotes. Expérience appréciée : analyses bio‑informatiques des séquences génomiques haut débit et de génotypages. Aptitudes recherchées : intérêt particulier pour la génétique et la génomique animale, expérience en programmation (Python et R) et connaissances pratiques avec des clusters de calcul, aptitude à la rédaction d’articles scientifiques et à la communication orale. Bonne maîtrise de l’anglais requise.

Votre qualité de vie à INRAE

• jusqu’à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d’un soutien à la parentalité : CESU garde d’enfants, prestations pour les loisirs;
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle;
• d’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux;
• de prestations vacances et loisirs : chèque‑vacances, hébergements à tarif préférentiel;
• d’activités sportives et culturelles;
• d’une restauration collective.

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr