Doctorant-e en génétique/génomique fongique : Etude de la réponse à des stress combinés chez le[...]

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Contexte scientifique et objectifs de la thèse

Les agroécosystèmes soumettent les champignons phytopathogènes à des combinaisons de contraintes abiotiques tout au long de leur cycle de vie. Leur survie dépend de leur capacité à percevoir ces signaux environnementaux multiples et à répondre efficacement pour maintenir leur héméostasie et leur fitness. Or la réponse à des stress multiples, concomitants ou séquentiels, n’est pas la simple addition des effets observés pour chaque stress pris indépendamment. Les données issues d’expériences sur des stress individuels ne permettent pas de prédire la réponse du champignon à une situation de multi‑stress. Très peu d’études adressent aujourd’hui cette problématique.

L’objectif du projet de thèse est de décrypter la réponse des champignons face à des stress multiples, afin de mieux comprendre leur biologie et leurs stratégies d’adaptation dans un environnement complexe plus réaliste. Le modèle étudié sera Fusarium graminearum, pathogène majeur sur céréales, responsable de la fusariose de l’épi et de la contamination en mycotoxines. La réponse à différentes combinaisons de stress abiotiques (stress température, hydrique, oxydant…) sera comparée à des situations de stress simple par des analyses transcriptomiques et métabolomiques. Cette approche permettra d’identifier les mécanismes moléculaires et métaboliques que le champignon utilise pour atténuer l’impact des stress combinés sur sa physiologie et son développement, révélant ainsi différentes stratégies adaptatives utilisées face à un environnement complexe. Plusieurs hypothèses seront testées : H01, H02, H03, H04. La méthodologie envisagée, combinant des approches microbiologiques, transcriptomiques et métabolomiques, permet de construire une vision complète et dynamique des mécanismes mis en jeu.

Environnement de travail

Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité MycSA (Mycologie et Sécurité des Aliments, INRAE Nouvelle-Aquitaine-33) sous la direction de Marie Foulongne‑Oriol. L’unité, composée d’un collectif d’environ vingt‑cinq chercheurs, ingénieurs et techniciens, développe un programme de recherche pluridisciplinaire pour décortiquer les évènements qui conduisent à la contamination des denrées végétales par des mycotoxines. L’unité dispose de toutes les infrastructures nécessaires (plateaux techniques en biochimie, microbiologie, biologie moléculaire) et des compétences techniques associées pour permettre la production du matériel biologique dans des conditions contrôlées ainsi que l’acquisition des données transcriptomiques et métabolomiques. Les pipelines d’analyse associés sont utilisés en routine au laboratoire.

Missions principales

• Design et mise en place d’un plan d’expérience, acquisition du matériel biologique, génération des échantillons secondaires (extraction ARN, banque NGS, extraction métabolome)
• Analyse des données RNAseq et métabolomiques (spectrométrie de masse)
• Intégration des données omiques
• Rédaction d’articles scientifiques, présentation des résultats

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

• Formation recommandée : Master 2 en Microbiologie, génétique, génomique, bioinformatique appliquée.
• Connaissances souhaitées : microbiologie, physiologie, génétique et génomique fongique, biologie moléculaire, bioinformatique, biostatistique.
• Expérience appréciée : une première expérience en analyse de données transcriptomiques ou métabolomiques serait un plus.
• Aptitudes recherchées : intérêt marqué pour le travail de laboratoire et l’analyse de données; bonnes capacités rédactionnelles, d’expression et de synthèse; autonomie, gestion de projets, capacité d’initiative, créativité, rigueur scientifique et goût pour le travail en équipe.

Votre qualité de vie à INRAE

• jusqu’à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle
• d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux
• de prestations vacances et loisirs : chèque‑vacances, hébergements à tarif préférentiel
• d'activités sportives et culturelles
• d'une restauration collective

Code de la fonction publique

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. Dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr