Bioinformaticien génomique virale

L'Institut Pasteur conduit des recherches biomédicales de pointe et avant-gardistes depuis plus de 130 ans.
Sur notre campus de 5 hectares en plein Paris (15è arrondissement), dans un environnement multiculturel et stimulant, 3000 personnes collaborent pour répondre aux ambitions de l'Institut Pasteur.
Responsabilités clés
Les missions consisteront à analyser des données de séquençage viral à l'aide de méthodes bioinformatiques, en vue de reconstruire et d'annoter des génomes viraux, ainsi que de surveiller l'évolution et la propagation des virus à ARN, notamment les virus respiratoires :
Traiter et analyser des données de séquençage haut débit (Illumina, Nanopore, etc.) à l'aide des outils bioinformatiques existants :
- Reconstruire des génomes viraux complets ou partiels (assemblage de novo, mapping sur références).
- Annoter les séquences (identification des gènes, mutations, recombinaisons, sites fonctionnels).
- Caractériser la diversité génétique (clades, lignées, variants préoccupants).
- Appliquer des pipelines bioinformatiques et adapter les méthodes en fonction des besoins spécifiques
- Contribuer à l'amélioration des workflows bioinformatiques du CNR
- Suivre la qualité des résultats générés par les pipelines du CNR (cohérence des résultats)
Assurer une veille scientifique et technique :
- Suivre les avancées en bioinformatique appliquée à la surveillance des virus respiratoires (outils, algorithmes, bases de données).
- Monitorer la circulation mondiale des virus (influenza, SARS-CoV-2, VRS, etc.) via des sources publiques (e.g. GISAID, GenBank) et internes (données du CNR).
Analyser les dynamiques évolutives :
- Détecter les mutations d'intérêt (échappement immunitaire, résistance aux antiviraux, fitness viral).
- Étudier les patterns de transmission.
- Produire des rapports internes : Synthèses hebdomadaires/mensuelles sur la surveillance génomique (ex : émergence de nouveaux variants, tendances épidémiologiques)
- Participer aux réunions de suivi avec les partenaires
- Travailler en étroite collaboration avec les biologistes et virologues du CNR pour interpréter les résultats.
- Maintenir une documentation pour les outils développés.
Profil recherché
Diplôme d'ingénieur ou doctorat dans un domaine pertinent (ex: génomique, génétique des populations ou biologie computationnelle).
Maîtrise des outils et méthodes standards d'analyse de données de séquençage de génome (contrôle qualité, preprocessing, assemblage, mapping...)
Maîtrise des méthodes de bioinformatique évolutive (alignement de séquences, phylogénie, systèmes de workflows)
Connaissance d'au moins un langage de programmation (ex: python, R,...)
Bonne compétence en rédaction scientifique et communication
Avoir des qualités de méthode et de rigueur, et avoir un bon relationnel.
Enthousiasme pour le travail en équipe et dans un environnement de recherche international.
Éthique de travail et autonomie
Vos conditions et environnement de travail :
Forfait mobilité douce ou remboursement de 75% des titres de transport
Cantine d'entreprise, restaurant, cafétérias
Mutuelle familiale (gratuité conjoints/enfants) et service de santé pour les collaborateurs sur le campus
Salles de sports, 30 activités culturelles/artistiques/sportives sur le campus
Engagements RSE forts, et initiatives des collaborateurs encouragées
Environnement multiculturel (plus de 75 nationalités sur le campus)
Ref :
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