Technicien de laboratoire médical "Développement de la Plateforme génomique AP-HP"

Description du poste

Les missions spécifiques portent sur la gestion opérationnelle de la plateforme de séquençage génétique à très haut débit :

1. Réception et pré-analyse des prélèvements. Conformité et enregistrement des prélèvements dans le système de gestion de laboratoire. Contrôle de la qualité des échantillons à réception. Déclaration et gestion des non-conformités et communication avec les services demandeurs. Traitement pré-analytique adapté selon le type d'analyse.Sang total EDTA, tissu frais ou congelé, culot cellulaire → ADN génomique. Sang total, plasma → ADN tumoral circulant (ctDNA). Biopsies fraîches, culots cellulaires, tissu → ARN total (bulk RNA).
2. Extraction et contrôle qualité des acides nucléiques. Extraction d'ADN génomique. Extraction d'ARN total pour les applications bulk RNA-seq, avec contrôle de l'intégrité. Extraction d'ADN tumoral circulant à partir de plasma (cfDNA / ctDNA). Quantification et qualification des acides nucléiques (qPCR ou autres techniques).
3. Préparation de librairies et séquençage NGS. Intervenir sur l'ensemble des flux de préparation de librairies, en short read et long read, en technique manuelle et/ou automatisée : ADN génomique – Short Read (Illumina). Long Read (Oxford Nanopore / PacBio). Bulk RNA-seq – Short Read et Long Read. ADN tumoral circulant (ctDNA) – biopsie liquide.

Des missions complémentaires sont assurées dans le cadre des activités de la plateforme :

• Qualité et accréditation / Application stricte des procédures techniques et des modes opératoires validés (norme ISO 15189) / Participation aux évaluations internes et externes de la qualité (EEQ / CIQ).
• Gestion des stocks et des consommables / Suivi et gestion des stocks de réactifs, consommables et kits de librairie / Réception, vérification et rangement des commandes selon les conditions de conservation requises / Gestion des déchets et sécurité. Tri et élimination des déchets biologiques et chimiques dans le respect de la réglementation en vigueur. Application des règles d'hygiène et de sécurité (EPI : blouse, gants, lunettes, masques).
• Participation à la surveillance des conditions d'environnement (températures des enceintes réfrigérées).
• Maintenance des équipements. Enregistrement des interventions de maintenance préventive courante et signalement des dysfonctionnements. Participation à la qualification et à la requalification des instruments.

Compétences scientifiques et techniques :

• Expertise en génétique médicale et biologie moléculaire.
• Bonne connaissance des technologies de séquençage short read et long read.
• Compréhension des enjeux préanalytiques (ie. fonctionnement des automates type. Hamilton ou Tecan), analytiques et post-analytiques (bioinformatique).
• Expérience pratique en préparation de librairies.
• Connaissances associées et expérience : Expérience souhaitée en biologie moléculaire, idéalement en préparation de librairies NGS
• Connaissance des techniques d'extraction d'acides nucléiques (sang, tissus, plasma) et des outils de contrôle qualité associés.
• Intérêt ou expérience pour les plateformes de séquençage short read (Illumina) et/ou long read (Oxford Nanopore, PacBio).
• Maîtrise des logiciels bureautiques (Word, Excel) ; connaissance d'un SGL appréciée.

Sensibilité à la démarche qualité (ISO 15189) et aux bonnes pratiques de laboratoire.

SAVOIR ETRE REQUIS

• Rigueur, fiabilité et sens de l'organisation dans l'exécution des tâches.
• Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire (techniciens, ingénieurs, biologistes).
• Aptitude relationnelle (communication interdisciplinaire).
• Respect de la confidentialité et du secret professionnel.
• Dynamisme, adaptabilité et intérêt pour les évolutions technologiques.

Profil recherché

Compétences scientifiques et techniques :

• Expertise en génétique médicale et biologie moléculaire.
• Bonne connaissance des technologies de séquençage short read et long read.
• Compréhension des enjeux préanalytiques (ie. fonctionnement des automates type. Hamilton ou Tecan), analytiques et post-analytiques (bioinformatique).
• Expérience pratique en préparation de librairies.
• Connaissances associées et expérience : Expérience souhaitée en biologie moléculaire, idéalement en préparation de librairies NGS
• Connaissance des techniques d'extraction d'acides nucléiques (sang, tissus, plasma) et des outils de contrôle qualité associés.
• Intérêt ou expérience pour les plateformes de séquençage short read (Illumina) et/ou long read (Oxford Nanopore, PacBio).
• Maîtrise des logiciels bureautiques (Word, Excel) ; connaissance d'un SGL appréciée.

Sensibilité à la démarche qualité (ISO 15189) et aux bonnes pratiques de laboratoire.

SAVOIR ETRE REQUIS

• Rigueur, fiabilité et sens de l'organisation dans l'exécution des tâches.
• Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire (techniciens, ingénieurs, biologistes).
• Aptitude relationnelle (communication interdisciplinaire).
• Respect de la confidentialité et du secret professionnel.
• Dynamisme, adaptabilité et intérêt pour les évolutions technologiques.

Note: les éléments non modifiés du texte source ont été conservés pour préserver l’intégralité du contenu technique.