Stage en développement Full-Stack et en cybersécurité pour un écosystème de gestion des données

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales , implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Dans le cadre du projet DATAMAN, le département Santé des Plantes et Environnement (SPE)  de l’INRAE met en œuvre un environnement de gestion de données dédié à la gestion quotidienne des données de recherche par les équipes scientifiques. L’objectif du projet est d’automatiser le cycle de vie des données (collecte, traitement, conservation, diffusion) en conformité avec les principes FAIR et les bonnes pratiques de la science ouverte, les bonnes pratiques DevOps et les exigences de cybersécurité de la science ouverte. Ainsi les workflows des chercheurs sont simplifiés en réduisant les manipulations manuelles et en centralisant l’accès aux données via une authentification unique.

Pour ce projet, un système d’information a déjà été déployé. Des nouvelles fonctionnalités sont développées en continu afin d’adapter le SI aux besoins de chercheurs. un système d’information a déjà été déployé. Des nouvelles fonctionnalités sont développées en continu afin d’adapter le SI aux besoins de chercheurs.

Un prototype d’une application web visant à améliorer l’interopérabilité entre ce système et d’autres SI et entrepôts de données ainsi que des outils collaboratifs a été développé lors d’un stage précédent.

Vous contribuerez au développement, à l’intégration DevOps et à la sécurisation de l’application web et du SI de gestion de données :

1. Déploiement Technique et DevOps :
   • Déployer et configurer des services dans un environnement Docker sur les infrastructures INRAE
   • Analyser les APIs existantes (RESTful) et leurs documentations techniques pour identifier les points d’intégration et les améliorations possibles
   • Conteneuriser les services développés (Docker) et les déployer sur des machines virtuelles INRAE
2. Développement et Intégration :
   • Participer à l’élaboration des User Stories en collaboration avec les équipes scientifiques et techniques
   • Automatiser l’import/export de données et métadonnées (requêtes format JSON, Vue.js 3)
   • Étendre les services web des APIs existantes du SI de gestion de données (Ruby)  pour améliorer l’interopérabilité avec d’autres systèmes
   • Développer des statistiques d’usage (volumes de données, fréquence d’accès) et des alertes pour les jeux de données inactifs
   • Visualisation des données via des tableaux de bord
   • Diagnostic et résolution d’incidents opérationnels
   • Analyse des logs et détection des anomalies dans les workflows
3. Sécurité et Audit :
   • Sécuriser l’environnement logiciel sur les infrastructures institutionnelles
   • Mettre en œuvre des données (en transit et au repos)
   • Configurer de sauvegardes automatiques et de plans de reprise d’activité
   • Participer à un audit de sécurité :
   • Identification des vulnérabilités potentielles
   • Proposition de correctifs et de bonnes pratiques pour renforcer la sécurité
4. Documentation et valorisation
   • Versionner le code sur le GitLab institutionnel INRAE en appliquant les bonnes pratiques Git (branches, merge requests, revues de code, conventions de commit)
   • Rédiger une documentation technique et utilisateur 
   • Présenter et démontrer les solutions développées devant le comité utilisateurs du projet DATAMAN 
   • Rédiger un rapport technique détaillant les choix d’architecture, les tests réalisés et l’impact sur les workflows chercheurs

Vous travaillerez sous la responsabilité du chef de projet DATAMAN, en étroite collaboration avec le comité de pilotage (COPIL) du projet issu du département SPE et la Direction des Systèmes d’Information (DSI) d’INRAE. Ce stage vous offrira l’opportunité de participer à un projet innovant et concret au service de la recherche, tout en vous immergeant dans un environnement scientifique dynamique, en collaboration avec des chercheurs et ingénieurs.

À l’issue du stage, vous livrerez un prototype fonctionnel, accompagné d’une documentation technique détaillée et d’un guide utilisateur, afin de permettre une adoption fluide par les équipes scientifiques. Un rapport de stage synthétisera les choix techniques, les tests réalisés et l’impact du projet sur les workflows de recherche. Enfin, vous présenterez les fonctionnalités développées devant le comité utilisateurs, incluant une démonstration pratique pour valider l’adéquation de l’outil aux besoins des chercheurs.

Vous exercerez votre activité au sein de l’unité Plant Health Institute of Montpellier (PHIM), localisée sur le campus international de Baillarguet à Montferrier-sur-Lez, au nord de Montpellier. Vos activités se dérouleront principalement sur poste informatique.

Formations et compétences recherchées

Licence/Master (Bac+3/5)

Formation : Niveau M2 en Informatique, Bioinformatique, Génie Logiciel ou équivalent.

Connaissances souhaitées :

• Maîtrise des langages front-end : HTML, CSS, Vue.js 3
• Maîtrise des environnements Unix et du scripting Bash
• Expérience avec les bases de données relationnelles (PostgreSQL, MySQL)  et non relationnelles (NoSQL)
• Connaissances en conception d'API RESTful
• Maîtrise des outils DevOps : Git/GitLab (avec CI/CD), Docker, Docker Compose, machines virtuelles (Debian, Ubuntu), serveurs web (Apache, Nginx)

Expérience appréciée :

• Langages back-end : Ruby, Ruby on Rails
• Cybersécurité :
  • Compréhension des concepts de base de la cybersécurité (OAuth2, CAS, TLS/GPG, VPN,
  • Connaissance des bonnes pratiques de sécurisation des données
• Monitoring et Tests :
  • Utilisation d’outils de monitoring (Grafana, Prometheus, logs, alertes)
  • Expérience avec les tests automatisés (RSpec pour Ruby, Jest pour Vue.js)

Aptitudes recherchées :

• Autonomie, rigueur, capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire et en autonomie
• Capacité d’adaptation à de nouveaux environnements
• Facilité de communication, de rédaction et d’expression
• Esprit d’analyse, de synthèse et de rigueur
• Intérêt pour les enjeux de la science ouverte et la gestion des données de recherche

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ; - de dispositifs de développement des compétences : formation , conseil en orientation professionnelle ; - d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ; - de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ; - d'activités sportives et culturelles ; - d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr