Stage de Master 2. Ecologie microbienne-Métagénomique-Sécurité alimentaire

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales , implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Le stage sera réalisé à l’INRAE – SQPOV à Avignon, dans un environnement interdisciplinaire à l’interface entre microbiologie alimentaire, écologie microbienne, génomique et sécurité alimentaire. 

Le projet porte sur la diversité et le contexte écologique des bactéries sporulées d’intérêt pour la sécurité alimentaire, notamment du groupe Bacillus cereus, qui peuvent entrer dans la chaîne alimentaire via les cultures. Pourtant, les facteurs écologiques qui déterminent leur persistance, leur diversité et leurs interactions au sein des communautés microbiennes du sol restent encore mal compris. Ce stage vise à étudier la diversité et le contexte écologique des bactéries sporulées dans des sols agricoles associés à la production de légumes, dans le cadre d’un programme de recherche plus large suivant ces bactéries de la ferme jusqu’au produit alimentaire. 

QUESTION SCIENTIFIQUE : Comment les communautés microbiennes du sol influencent-elles la diversité et le contexte écologique des bactéries sporulées d’intérêt alimentaire ?

• Extraction d’ADN et métagénomique shotgun d’échantillons de sols

• Plate-wash Métagénomique pour caractériser la fraction cultivable

• Profilage métagénomique, assemblage et annotation des génomes

• Analyses de génomique comparative et d’écologie microbienne• Intégration des données de diversité totale, cultivable et génomique 

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Profil recherché :Étudiant(e) en Master 2 en microbiologie, écologie microbienne, sciences des aliments, biotechnologie, bioinformatique ou domaine proche. 

Compétences acquises : Formation pratique en biologie moléculaire, préparation au séquençage, analyses métagénomiques, écologie microbienne résolue au niveau génomique et bioinformatique. Une formation aux analyses computationnelles sera assurée tout au long du stage. 

Compétences souhaitées : en R, Python, bioinformatique ou microbiologie sont un plus .

Aptitudes : Intérêt pour les communautés microbiennes et/ou la sécurité alimentaire. 

Motivation et curiosité scientifique sont essentielles. 

Modalités pour postuler

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr