Protocoles steward ingénieur - ingénieure pour la Smart-Microscopy (H/F)
Missions
Missions : La smart microscopie est un environnement émergent de pilotage dans le domaine de la microscopie. Elle permet de sortir des séquences linéaires d’acquisition en y introduisant de la conditionnalité liée à des apprentissage profonds. Ces nouveaux protocoles expérimentaux sont à créer et on ne voit pas aujourd’hui de limitations à leurs champs d’applications. Les protocoles sont donc à coder et à mutualiser pour faire grandir la pratique de la « smart microscopy ». L’ingénieur recruté travaillera sur la mise en place d’une méthodologie commune permettant des développements de protocoles de smart microscopy en partant de la consultation des besoins émis par les équipes de recherche au sein de 4 instituts (IBDM, CIML, INMED, IMM). Un travail de compréhension de chaque problématique expérimentale sera à réaliser (en concertation avec les ingénieurs de PICSL) et à traduire dans un nouveau schéma expérimental appelant des bibliothèques sous python dédiées au pilotage des microscopes.
Activités
- Développer des scénarios de smart microscopy sous les différentes interfaces (OAD, JOB, inscoper…) en python.
- Ponter les architectures avec des modèles de deeplearning déjà entrainés ou à fine‑tuner.
- Fédérer un collectif local d’usagers de la smart microscopy.
- Former les utilisateurs à la smart‑microscopy.
- Assurer une veille technologique poussée dans le domaine de la smart microscopy et des solutions open sources.
Contexte de travail
L'IBDM situé sur le Campus de Luminy comprend environ 220 personnes titulaires Chercheurs, Enseignants‑Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens ainsi que des collaborateurs non permanents (CDD, Post‑doc, Doctorants, stagiaires) répartis sur 22 équipes de recherche et 11 plateaux techniques et services. L'IBDM est une unité mixte de recherche sous la tutelle du CNRS et de l'AMU, explorant la Biologie du développement et des pathologies associées. La personne recrutée sera localisée sur la plateforme d’imagerie de l’IBDM, elle aura à se déplacer sur les différents sites du campus de Luminy ainsi qu’au campus de Joseph Aiguier et de la Timone. La personne sera embauchée par AMU et financée sur crédits de l'Université Aix‑Marseille (Fondation AMIDEX).
Profil recherché
- Compétences techniques Connaissance en programmation python indispensable. Connaissance des architectures de réseaux de neurones (AutoEncoders et modèles génératifs) ainsi que des frameworks (TensorFlow, Keras, Pytorch). Connaissances générales en biologie, en imagerie et instrumentation de microscopes.
- Compétences opérationnelles Forte motivation pour développer et coder du pilotage d’instruments. Capacité à analyser les besoins, à proposer des solutions communes et à les présenter (excellente capacité de présentation orale et de rédaction). Capacité pédagogique requise. Anglais courant (oral et écrit).
- Contraintes et risques Aucun.