Poste Ingénieur d’étude en bio-informatique

Poste Ingénieur d75tude en bio-informatique

workflow Galaxy OMICS Spectrom e9trie de masse

Institution et laboratoire : Lcole des Hautes Etudes en Sant e9 Publique (EHESP) est un e9tablissement public de l77tat e0 caract e9re scientifique, culturel et professionnel, membre de la conf e9rence des grandes 7coles. L7EHESP a le statut de dgrand e9tablissement bb (loi du 9 ao bt 2004 et d e9cret du 7 d e9cembre 2006). Le laboratoire d77tude et de recherche en environnement et sant e9 (Leres), contribue e0 l7ensemble des missions de l7EHESP via son expertise dans le domaine de l77valuation de l7exposition humaine aux contaminants de l7environnement. Son plateau analytique et son e9quipe lui permettent de d e9velopper des m e9thodes d e9analyse innovantes pour la conduite de projets de recherche en synergie avec une activit e9 de prestations sous accr e9ditation Cofrac. En compl 117ement des activit e9s analytiques, le Leres d7eveloppe et met en place des solutions bio-informatiques pour le retraitement des donn e9es de spectrom e9trie de masse e0 haute r e9solution. Le Leres est une plateforme analytique de l7Institut de Recherche en Sant e9 Environnementale et Travail ( ) (Irset-Inserm UMR 1085). L7Irset est l7un des principaux centres de recherche en exposomique en France et en Europe, r e9alisant des recherches innovantes en g e9nomique, transcriptomique, chimie analytique, toxicologie, science de l7exposition, e9pid e9miologie et e9valuation des risques.

Contexte du poste : Depuis 2016, le Leres d7eveloppe des approches analytiques innovantes reposant sur la chromatographie liquide coupl e9e e0 la spectrom e9trie de masse haute r e9solution (LC-HRMS) pour mesurer l7exposition humaine aux contaminants chimiques de mani e8re plus compr e9hensive e0 partir d7 e9chantillons biologiques. Les donn e9es g e9n e9r e9es sont massives et complexes et n e9cessitent le d e9veloppement d7outils bio-informatiques performants. En ce sens, plusieurs outils bio-informatiques (Python) ont d e9ja e9t e9 d f9velopp e9s ( ou sont en cours de d e9veloppement au laboratoire. Le poste proposer s e9int e8re dans le projet europ e9en ab Partenariat europ e9en pour l77valuation des risques liés aux produits chimiques (#EU_PARC) bb. Ce projet majeur comprend 200 partenaires de 28 pays de l7UE : des agences nationales et des organismes de recherche travaillant dans les domaines de l7environnement ou de la sant e9 publique, l7Agence europ e9enne des produits chimiques (ECHA), l7Autorit e9 europ e9enne de s e9curit e9 des aliments (EFSA) et l7Agence europ e9enne pour l7environnement (AEE). L7objectif est de d e9velopper l77valuation des risques chimiques de nouvelle g e9n e9ration afin de prot e9ger la sant e9 et l7environnement.

Missions proposées : Afin d7am e9liorer la surveillance des expositions aux substances chimiques via des approches innovantes, l7ing e9nieur travaillera au Leres sur un projet visant e0 d e9velopper sous l7environnement Galaxy un pipeline/workflow automatis e9 pour le retraitement des donn e9es LC- HRMS. Plus pr e9cis e9ment, l7ing e9nieur aura pour missions :

• De coordonner, en interaction avec les partenaires europ e9ens, la mise en place des diff e9rents outils sous Galaxy afin de d e9velopper le workflow de retraitement. En particulier, l7ing e9nieur s7assurera de l7interop e9rabilit e9 des diff e9rents outils.
• De contribuer e0 impl e9menter les solutions bio-informatiques d e9velopp e9es au Leres au sein d7un workflow dans l7environnement Galaxy.
• De retraiter des donn e9es LC-HRMS obtenues sur des e9chantillons biologiques dans le cadre d7un essai collaboratif entre les partenaires et dans un objectif d7annotation/identification des compos e9s chimiques contaminants.

Le poste impliquera des interactions et pr e9sentations r e9guli e8res des avanc e9es en anglais au consortium Europ e9en.

Comp e9tences recherch e9es : - Issu(e) d7une formation niveau Master 2 en bio-informatique / informatique (avec premi e8re exp e9rience) - Exp e9rience en analyse et traitement des donn e9es de type OMICS pour la mise en place de pipelines bio-informatiques (ma eetrise des biblioth e8ques Pandas, Numpy, SQLite, Matplotlib, etc.) - Maitrise des outils de versioning et de conteneurisation : Git et Docker - Connaissance de la plateforme Galaxy ou autres gestionnaires de pipelines (e.g., Snakemake, Conda) - Ma eetrise des diff e9rents langages de programmation : Python, SQL et Bash. Connaissance du langage XML - Communication et gestion de projet - Anglais requis (niveau B2 minimum) - Autonomie

Comp e9tences souhait e9es (optionnelles) : - Connaissances en chimie analytique, et plus particuli e8rement en LC-HRMS appliqu e9e e0 la m e9tablomique et/ou la protéomique - Exp e9rience de mise en place d7analyses bio-statistiques pour le traitement de donn e9es OMICs - Ma Brick e9e d7algorithmes de machine learning

Proc e9dure : Merci d7adresser votre candidature (lettre de motivation + CV) avant le 18 avril 2025 e0 :- Arthur David Erwann Gilles Sarah Lennon

Date limite : 18 avril 2025

Offre publ e9e le 25 mars 2025, affichage jusqu e7u le 18 avril 2025