Post-doctorat en Oncologie Computationnelle - Tumeurs cÃrÃbrales (F/H)

Post-doctorat en Oncologie Computationnelle - Tumeurs cérébrales (F/H)

’Institut Curie est un acteur majeur de la recherche et de la lutte contre le cancer. Il est constitué d’un hôpital et d’un Centre de recherche de plus de 1000 collaborateurs avec une forte représentativité internationale.

L’objectif du Centre de recherche de l’institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d’utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic, la thérapeutique des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l’innovation au service du malade.

Laboratoire

L’équipe Cavalli recherche un·e chercheur·e post-doctorant·e pour étudier l’hétérogénéité au sein de tumeurs cérébrales.

L’équipe Cavalli étudie l’hétérogénéité tumorale pour répondre à des questions cliniques importantes. Nous développons au sein du laboratoire des approches génomiques pour étudier différents aspects cliniques de la biologie des tumeurs cérébrales en analysant des données générées à partir d’échantillons de patients. Plus spécifiquement, nous étudions l’hétérogénéité intra-tumorale et spatiale, les interactions avec le microenvironnement, et l’évolution des gliomes et des tumeurs pédiatriques cérébrales. Nos projets sont développés dans un environnement dynamique et collaboratif avec les chercheurs et cliniciens de l’Institut Curie et nationaux /internationaux.

Projet de recherche

Nous recherchons un(e) chercheur(se) motivé(e) et talentueux(se) pour déchiffrer la complexité de la biologie tumorale et de l’hétérogénéité intra-tumorale de tumeurs cérébrales en réalisant des analyses computationnelles de données de séquençage de pointe. Il/Elle sera responsable de l’analyse de données multiomique single-nucleus RNA/ATAC-seq et de transcriptomique spatiale issues d’échantillons de patients ou de modèles de tumeurs cérébrales et travaillera en étroite collaboration avec les expérimentalistes.

Ce projet vise à décrypter la plasticité des cellules tumorales, notamment par l’évaluation et le développement de méthodes, ainsi que par l’interprétation biologique des résultats. Il/Elle réalisera également une étude comparative de modèles de tumeurs pédiatriques cérébrales inter-espèces en identifiant les programmes essentiels aux cellules tumorales. Enfin, il/elle étudiera le métabolome de gliomes IDH-mutés et réalisera une analyse d’intégration de données multiomique pour déchiffrer des mécanismes de résistance aux traitements de ces tumeurs.

Responsabilités

• Développer et mener un projet de recherche ciblant l’hétérogénéité tumorale
• Analyse complète de données (qualité, traitement, normalisation, résultats, visualisation, interprétation…) à partir de données brutes
• Analyser des données single-nucleus RNA/ATAC-seq et de transcriptomique spatiale
• Caractérisation du métabolome de tumeurs
• Utilisation et développement de méthodes et de stratégies pour évaluer la plasticité des cellules tumorales
• Analyse de données à grande échelle et intégration de différents types de données « omique »

Qualifications

• Thèse (récente) en bioinformatique, statistique ou informatique avec des connaissances et un intérêt pour la biologie
• Avoir développé des stratégies d’analyses de données innovantes
• Avoir développé des connaissances importantes dans un ou plusieurs des domaines suivants : génomique, biologie des cancers ou statistiques
• Être familier avec le travail sous l’environnement Unix
• Très bonnes compétences en programmation
• Maîtrise des outils d’analyses des données de séquençage
• Maîtrise d’analyses statistiques avec le logiciel R
• Expérience en analyse de données à l’échelle de la cellule unique
• Compréhension et expérience d’outils basés sur des méthodes de Machine Learning
• Une compréhension de la biologie cellulaire est un atout ainsi qu’une expérience de collaboration avec des biologiques pour résoudre une question donnée.