Ingénieur Recherche et Développement - H/F

Description

Structure Délégation Régionale Inserm Nouvelle-Aquitaine - U 1219 dirigée par M. Rodolphe THIEBAUD

A propos de la structure

Le centre Bordeaux Population Health (BPH , U1219 Univ. Bordeaux - Inserm), l’un des principaux centres de recherche en santé des populations en France, comprend 10 équipes (~500 personnes) travaillant sur des thématiques diverses en santé publique, avec 5 domaines transversaux d’excellence: (i) santé cérébrale tout au long de la vie; (ii) science des données (IA, épidémiologie moléculaire, cohortes longitudinales, bases médico-administratives); (iii) maladies infectieuses et santé globale; (iv) vieillissement et résilience; (v) déterminants environnementaux et sociaux de santé.

Missions principales

Nous recherchons un ingénieur en Génie Logiciel pour contribuer au développement et à l’évolution du projet DTR (Data To Research), une plateforme web innovante de gestion et d’analyse avancés de données scientifiques de santé. Ce projet s’inscrit dans les activités de l’équipe SISTM (Statistics in Systems Biology and Translational Medicine), spécialisée dans les méthodes avancées en science des données appliquées à la santé publique, la vaccinologie et l’immunologie.

Le projet DTR vise à concevoir une nouvelle génération de plateforme web‑based, plus modulaire, sécurisée et conforme RGPD/CNIL, inspirée du fonctionnement de la plateforme LabKey, tout en y intégrant des fonctionnalités avancées et plus adaptées aux besoins de l’équipe. LabKey est une plateforme (Interface de Data Warehouse) utilisée actuellement par l’équipe pour la gestion et l'analyse de grandes quantités de données biomédicales. Elle permet de stocker, organiser et partager des données complexes tout en assurant leur sécurité et leur conformité réglementaire. En tant que plateforme modulaire, LabKey offre une flexibilité dans l’intégration et l’analyse des données scientifiques.

1) Le candidat participera activement à la conception et au développement de nouvelles fonctionnalités de la plateforme DTR, tout en veillant à renforcer sa sécurité et sa conformité pour répondre aux exigences croissantes de l’équipe de recherche. Et assurer la bonne migration d’utilisateurs sur la nouvelle plateforme avec une planification rigoureuse et documentée.

2) Le candidat devra maintenir et assurer le bon fonctionnement de notre infrastructure actuelle de gestion des données, basée sur la plateforme LabKey. Et participer à la réflexion méthodologique sur le stockage / partage et utilisation des données de l’équipe.

• Rédiger des plans de procédures
• Assurer le classement et l’archivage des documents.

Il interagira également avec les chercheurs/Ingénieurs pour comprendre leurs besoins, identifier les solutions adaptées, et implémenter les fonctionnalités nécessaires pour faciliter l'analyse des données et la collaboration scientifique. Le candidat bénéficiera d'un environnement très attractif avec des moyens de calcul et des collaborations étroites avec des mathématiciens et informaticiens (des centres de recherche INRIA et INSERM) et des immunologistes (en particulier du Labex Vaccine Research Institute). Ce rôle nécessitera des compétences solides en développement informatique, notamment en conception de systèmes informatiques sécurisés et performants, ainsi qu’une compréhension des enjeux RGPD/CNIL en santé publique.

Activités principales

• Analyse des besoins
• Développements applicatifs
• Déploiement d'applications
• Collaboration avec la DSI
• Assurer la maintenance évolutive de la plateforme

Profil recherché

Connaissances

• Développement Full Stack (Java, ReactJS, Python, Docker).
• Connaissances solides des patterns designs, et du design des systèmes informatiques orientés data.
• Connaissances en environnements de calcul haute performance (HPC)
• Maintenance du service Labkey actuel et assurer la bonne migration des données.
• Système UNIX
• Connaissances avancées de l’environnement Docker.

Savoir-faire

• Stack : Java Spring Boot, ReactJS, Python (FastAPI), Bash
• Systèmes Linux / UNIX / SSH.
• Conteneurisation : Docker, ou Podman, ou OpenShift
• CI/CD : Ansible/Jenkins, Gitlab CI, Crontab, Nginx Proxy, Systemd
• Notions de sécurité/Gestion de rôles : Spring security, CSP, CSRF, XSS
• Gestion de bases de données (PostgreSQL et MongoDB)
• Bonnes connaissances en CI/CD, Protocoles réseaux TCP/HTTP, et RGPD/CNIL.

Aptitudes

• Rigueur
• Autonomie
• Esprit d'équipe
• Esprit critique et capacité à résoudre les problèmes
• Français et Anglais scientifique et technique : oral et écrit

Expériences souhaitées

• Débutant acceptés
• Expérience en gestion de base de données dans le secteur de santé publique, en statistiques ou en développement applicatif seront appréciés.