Ingénieur expert – coordination du pôle « Production et reséquençage » H/F

La plateforme de bioinformatique de l'Institut Imagine / SFR Necker assure l'analyse, l'interprétation et la gestion des données issues des technologies de séquençage à haut débit pour les équipes de recherche et les projets translationnels du Campus Necker.

Au sein du pôle Production et reséquençage, il contribue à la coordination des activités en lien avec les plateformes de séquençage, les équipes de recherche, les cliniciens & ingénieurs. Participe au bon fonctionnement des activités de production, à la valorisation scientifique des données générées et à l'évolution des méthodes d'analyse.

Dans un contexte d'augmentation continue du volume de données produites (génomes, exomes, transcriptomes, données long-read et single-cell) et de diversification des projets collaboratifs, ce poste contribue à assurer la continuité des activités de production, le maintien de la qualité des analyses et l'accompagnement des utilisateurs de la plateforme.

Missions principales

• Coordonner les activités scientifiques, techniques et organisationnelles du pôle Production et reséquençage
• Organiser les activités d'analyse des données de séquençage à haut débit
• Animer une équipe de trois ingénieurs et contribuer à la répartition des activités
• Veiller à la qualité, à la reproductibilité et à la traçabilité des analyses réalisées
• Assurer le suivi des projets de séquençage en lien avec les équipes de recherche et les plateformes technologiques
• Participer au développement & à l'évolution des méthodes, outils et infrastructures dédiés à l'analyse des données génomiques

Activités

• Organiser et coordonner les activités d'analyse des données de séquençage de la plateforme
• Contribuer au suivi de la production & veiller à la qualité des résultats délivrés aux équipes de recherche et aux projets translationnels
• Développer et faire évoluer les pipelines et outils d'analyse de données génomiques
• Assurer le suivi des données & des projets de séquençage
• Apporter une expertise méthodologique aux chercheurs pour l'analyse et l'interprétation des données
• Coordonner les activités d'une équipe de 3 ingénieurs
• Participer à la formation des utilisateurs et diffusion des bonnes pratiques
• Contribuer aux projets scientifiques collaboratifs & à l'évolution technologique de la plateforme
• Participer aux réunions, formations, congrès et groupes de travail
• Assurer une veille scientifique et technologique

Connaissances

• Génomique, génétique humaine et biologie moléculaire
• Technologies de séquençage à haut débit (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore)
• Analyse de données NGS : panels, exomes, génomes, transcriptomique, single-cell et long-read
• Gestion et structuration des données biologiques à grande échelle
• Environnements de calcul haute performance (HPC)
• Bonnes pratiques de développement logiciel et de reproductibilité des analyses
• Langages de script (Bash) et bases de données relationnelles
• Outils classiques de bioinformatique appliqués au séquençage
• Anglais scientifique et technique

Compétences opérationnelles

• Maîtrise des technologies de séquençage à haut débit (NGS) et de leurs applications
• Maîtrise des méthodes d'analyse de données de panels, exomes, génomes, transcriptomique (RNA-seq), single-cell et long-read
• Connaissance des principaux outils d'analyse génomique et transcriptomique
• Bonne compréhension de la génétique humaine, de la génomique et de la biologie moléculaire
• Maîtrise des formats de données biologiques (FASTQ, BAM/CRAM, VCF, GTF…) et des standards de qualité associés

Informatique et gestion des données

• Maîtrise des environnements Linux/Unix
• Connaissance des langages de scripting (Bash, Python, Perl ou équivalent)

  Soft-skills

  • Sens de l'organisation
  • Rigueur scientifique et méthodologique
  • Esprit d'analyse et capacité de synthèse
  • Aptitude à la coordination et au travail en équipe
  • Autonomie, capacité d'initiative
  • Qualités relationnelles & pédagogiques
  • Réactivité face aux demandes prioritaires
  • Capacité à évoluer dans un environnement multidisciplinaire

  Niveau de diplôme souhaité

  Diplôme d'ingénieur ou Master en bioinformatique, génomique, biologie computationnelle ou discipline équivalente

  Conditions particulières d'exercice

  • Participation au suivi de projets nécessitant le respect de délais contraints, notamment dans le cadre de projets prioritaires ou à visée translationnelle

  Contrat

  • Contrat à durée déterminée (CDD) de l'Université Paris Cité
  • Le contrat peut évoluer vers un CDI, sous réserve des dispositions réglementaires en vigueur et des possibilités offertes par l'établissement