Ingénieur-e en calcul scientifique (H/F)

Le projet consiste à comprendre le rôle des cellules localisées à la surface du cerveau (cellules méningées) dans la protection du cerveau (neuroinfection) et la croissance/fonction du cerveau (neurocognition et maladie neurodevelopmentale). Nous combinons des data single cell RNAseq publiques et de l'équipe (cellules méningées et cérérales) pour comprendre leurs pathways d'activation, leurs interactions potentielles, et leur lien avec des pathologies connues (susceptibilité aux infections, autisme, épilepsie, migraine, etc.) Vous aurez la charge des analyses de données de transcriptomes en Singlecell RNA-seq, bulk RNAseq et spatial transcriptomique en coordination avec le CB2M (Computational Biology, Biostatistics and Modeling) du CIML. Vous devrez établir des protocoles d'analyse adaptés, produire des rapports d'analyse clairs et détaillés et les communiquer à votre équipe.

Activités principales
- Intégration au projet de recherche cité, assimilation des questions biologiques posées et mise au point un plan d'analyse bio-informatique adapté.
- Analyse des données Single-Cell RNA-seq et bulk RNAseq du projet (Analyse en réduction de dimensionnalité (ACP, t-SNE), expression différentielle, enrichissement fonctionnel, étude d'hétérogénéité cellulaire, dynamique, cell-cell communication...).
- Communication scientifique interne et externe. Mise en forme des résultats pour publications scientifiques.

Activités associées
- Communication scientifique interne et externe.
- Participation aux lab meeting de son équipe
- Participation aux rencontres et aux échanges de la communauté des bioinformaticiens du centre.