Ingénieur(e) en bioinformatique NGS H/F

Membre de la fédération UNICANCER, le CGFL est un établissement de santé privé d'intérêt collectif (ESPIC) à but non lucratif.
Son activité est exclusivement dédiée à la lutte contre le cancer, dans le domaine des soins, de l'enseignement et de la recherche.
Il dispose de 200 lits et d'un important plateau technique. Il emploie 1000 salariés et réalise un chiffre d'affaires annuel de 160 M€.
Au sein de cet établissement, le département de Biologie et de Pathologie des Tumeurs (DBPT) regroupe trois unités diagnostiques, dont l'unité d'Oncogénétique somatique et constitutionnelle. Cette unité travaille en étroite collaboration avec l'unité de bio-informatique du CGFL. Les techniques de séquençage à haut débit utilisées en Biologie Moléculaire nécessitent la mise en place des pipelines de traitement bioinformatique et biostatistique dédiées dans un contexte diagnostique et de suivi des patients.
Le titulaire du poste assurera la mise en œuvre, l'exécution, le maintien et le suivi de pipelines bioinformatiques.
Ses missions seront réparties en 2 activités principales, à savoir :
- Recherche et développement et prestations de service (80% du temps)
- Routine clinique (20% du temps)
Recherche et Développement et prestations de service
Mise en œuvre et maintien de pipelines bioinformatiques pour l'analyse de différents types de données :
 Données issues de la technologie Nanopore (CNV, méthylation, variants structuraux, transcriptomique, WGS)
 Données ATAC-Seq
 Données issues de puces de méthylation EPIC
 Données de WGS générées en short reads
 Autres en fonction des demandes de prestation de service
 Contribution et support au transfert en routine des pipelines développés dans le cadre de l'activité Recherche et Développement lorsque ces analyses passeront en routine clinique.
Routine clinique
 Lancement de pipelines d'analyse de données de séquençage pour le rendu de résultats à visée diagnostique/théranostique
 Contribution au développement de ces pipelines
 Veille technologique et méthodologique en bioinformatique clinique en collaboration avec la responsable de l'activité
Profil :
 Au minimum, Master 2 en bioinformatique ou équivalent
 Connaissance des outils informatiques pour le séquençage NGS et de la génétique et Biologie Moléculaire
 Maîtrise de Linux, Windows, Python, R, bald et lignes de commandes
 Connaissance en génétique et en biologie moléculaire
 Maitrise de la langue anglaise, écrite et parlée
Poste à pourvoir dès que possible
Type d'emploi : Temps plein, CDI
Statut : Cadre
Rémunération : à partir de 40 000,00€ par an
Lieu du poste : En présentiel