INGENIEUR.E EN BIOINFORMATIQUE F/H

INGENIEUR.E EN BIOINFORMATIQUE F/H

Détails de l’offre

Poste proposé: INGENIEUR.E EN BIOINFORMATIQUE F/H – Contrat CDD.

Mission générale : contribuer aux activités de soin et de recherche translationnelle du laboratoire en participant à l'archivage des données brutes générées par les différents secteurs, au développement de pipelines d'analyse et à la structuration des résultats dans des bases de données interopérables pour les biologistes du laboratoire d'hématologie et la recherche.

Missions détaillées

• Participer à l'archivage des données générées par le laboratoire (ex. données de cytométrie en flux, données de séquençage).
• Développer et maintenir des pipelines d'analyse de données générées par le laboratoire (ex. données de séquençage capture, données de RNA‑seq) et travailler en collaboration avec la plateforme de bio‑informatique de l'APHP MOABI.
• Former les ingénieur.es et technicien.nes du laboratoire au lancement de ces analyses.
• Rédiger des protocoles d'utilisation des outils développés et de la gestion documentaire relative à la qualité.
• Participer à la mise en place d'une base de données interopérable des résultats des données de soins générées par le laboratoire pour permettre leur utilisation par les biologistes du laboratoire.

Profil

Niveau I (BAC+4/+5). Avoir des connaissances approfondies, théoriques et pratiques, en analyses courantes de bio‑informatique en génomique et dans la gestion de bases de données. Expérience professionnelle souhaitée dans le milieu hospitalier ou la recherche en biologie.

Compétences/savoir‑faire requis

• Bonne maîtrise des langages de programmation R, Python, Bash.
• Utilisation de gestionnaires de workflow (Snakemake, Nextflow).
• Utilisation des systèmes d'exploitation Linux et de la compilation de logiciels.
• Expérience dans les principales analyses bio‑informatique en santé (variant calling, RNA‑seq).
• Expérience dans la gestion de bases de données.

Connaissances requises

• Connaissances générales en médecine et en biologie, en particulier en génomique.
• Connaissances générales en statistiques.
• Maîtrise de l'anglais écrit.

Qualités professionnelles requises

• Grande rigueur dans le traitement des données.
• Capacité d'organisation et d'initiative.
• Apprécier le travail en équipe.
• Motivation et dynamisme pour apprendre et développer de nouvelles compétences.