Ingénieur-e en bio-informatique

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l'unité mixte de recherche « Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne » (UMR 1287 EGFV), basée à l'Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), près de Bordeaux. Cette unité de recherche rassemble une équipe pluridisciplinaire spécialisée en écophysiologie, physiologie végétale, biologie moléculaire et génétique. Ses recherches portent sur la compréhension du fonctionnement des vignes greffées et des déterminants de la qualité des baies de raisin dans le contexte du changement climatique, afin d’identifier des solutions d’adaptation. L’UMR EGFV est structuré en 4 thèmes de recherche et en charge du programme d'innovation vigne-porte-greffe en France. L'unité offre un environnement scientifique et technique exceptionnel, intégrant des chercheurs de l'INRAE, des enseignants et des étudiants de l’Université de Bordeaux et de Bordeaux Sciences Agro.

Nous recherchons un(e) ingénieur(e) très motivé(e) pour contribuer au projet MUSCASEQ, qui s’intéresse à la caractérisation des gènes de résistance aux ravageurs du sol (nématodes et phylloxera), et plus particulièrement ceux issus d’une source Muscadine, dans des conditions environnementales variées. Il s’agit de participer à l’assemblage de la séquence du génome d’un hybride de vigne majeur pour la sélection variétale et de conduire un travail d’annotation et de caractérisation des gènes de résistance, en réponse à des contraintes biotiques.

Vous rejoindrez un collectif composé de bioinformaticien(ne)s, de généticien(ne)s, de biologistes, de nématologistes qui accompagne de nombreux projets de recherche en partenariat. Au sein de l’UMR EGFV, vous serez rattaché(e) aux thèmes ROOTi et GENEPI. Vous travaillerez également en étroite collaboration ainsi que l’unité de recherche ISA de Sophia Antipolis sur les aspects d’annotations. Cela pourra vous amener à effectuer des missions sur place. Dans le cadre de MUSCASEQ vous aurez également des échanges avec l’unité GénoVigne de l’Institut Français du Vin. Cet environnement vous permettra de vous intégrer à un réseau scientifique actif. Vous intervenez dans un contexte où les données génomiques prennent une place croissante dans les projets de recherche.

Vos Responsabilités

Votre mission consistera à créer et structurer un jeu de données génétiques, génomiques et transcriptomiques concernant un clone d’intérêt pour la création de futurs porte-greffes de vigne.

Activités suivantes

• Réalisation de l’assemblage d’un génome de plante à partir de données génomiques de type « long reads » (PACBIO Hifi) déjà obtenues.
• Intégration des données génétiques (carte génétique) déjà obtenues par le consortium en liaison avec l’unité GénoVigne.
• Annotation structurelle et fonctionnelle du génome (i) en vous appuyant sur des annotations de génomes déjà publiés et (ii) sur des données transcriptomiques qui seront générées au cours du projet, avec un focus particulier sur l’annotation et la distribution des gènes de résistance dans des zones d’intérêt, en appui de l’unité ISA.
• Utilisation/mise en œuvre de pipelines / workflows en utilisant des outils existants.
• Gestion des données brutes et pré-traitées, et assurance de leur mise à disposition dans des répertoires dédiés.
• Évaluation des outils existants pour retenir les solutions les plus adaptées aux besoins du projet.
• Veille scientifique sur les méthodes et outils innovants.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandée : a minima un Master 1 en bioinformatique, avec expérience. Master 2 en bioinformatique serait préférable.

Connaissances souhaitées :

• Connaissance des données génomiques et transcriptomiques.
• Maîtrise des outils d’assemblages de génomes, d’annotations et des outils de visualisation.
• Utilisation d’outils de gestion de workflow (ex. : Nextflow).
• Gestion d’outils de versioning (ex. : GitHub).
• Développement/réutilisation de pipelines et réalisation d’analyses bibliographiques d’outils informatiques.
• Communication en anglais dans un contexte de collaboration scientifique.

Aptitudes Recherchées

• Rigueur et sens de l’organisation
• Autonomie et curiosité
• Goût pour le travail en équipe
• Intérêt pour la génomique, la génétique et la science des données.

Votre qualité de vie à INRAE

• jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle
• d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel
• d'activités sportives et culturelles
• d'une restauration collective

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. À ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.