Ingénieur-e de recherche en phénotypage haut-débit comportement des poulets de chair

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe GENUTS (Génétique, Nutrition, Systèmes) au sein de l’UMR BOA (Biologie des Oiseaux et Aviculture) située à Nouzilly (25 km de Tours), sous la supervision de la Dr J. Collet et Dr M. Bonneau de l’UMR ASSET (Agroécologie, Génétique et Systèmes d'Élevage Tropicaux) basée en Guadeloupe.

L’uneité BOA mène des recherches sur les oiseaux d’élevage, du niveau moléculaire à l’animal dans son environnement. Elle a pour objectif de produire des connaissances en physiologie, nutrition et génétique, et de contribuer à la transition agroécologique des systèmes d’élevage (respect de l’environnement, bien‑être animal et qualité des produits). L’équipe GENUTS (20 collaborateur‑rices) travaille à la croisée de la nutrition et de la génétique pour améliorer les systèmes de production avicole.

Vos travaux s’inscriront dans le cadre du projet européen PEPR PREZODE TALEDZ (Typologie des Élevages aux Antilles et Détection Précoce des Zoonoses), coordonné par l’Université des Antilles, en collaboration avec INRAE, Université de Bourgogne Franche-Comté, et Université Le Havre Normandie. L’objectif du projet est de développer des méthodes innovantes pour la détection précoce des émergences de zoonoses chez la volaille dans un contexte Antillais. La‑e recruté‑e sera en charge du développement d’algorithmes originaux pour effectuer de l’analyse comportementale grâce aux données issues de capteurs accélérométriques. Iel aura également en charge de développer des méthodes de détection de perturbations et de valoriser ses résultats par des publications scientifiques et participation à des congresss.

Responsabilités principales

• Développer des algorithmes et pipelines pour estimer le comportement des animaux à partir de données accélérométriques. Iel se basera sur un ensemble de vidéos qu’il sera nécessaire de synchroniser aux données accéléromètres. Ces vidéos seront annotées par une autre personne faisant partie du projet.
• Analyse de séries temporelles, données longitudinales : développer de nouvelles méthodes de détection des perturbations à partir de données accélérométriques. Iel pourra s’appuyer sur des collaborations avec des chercheurs de l’université des Antilles.
• Valoriser les développements méthodologiques et données scientifiques pour des communications orales et écrites.

Participation à des expérimentations sur animaux. Possibilité de télétravail.

Formations et compétences recherchées

Master / Ingénieur (Bac+5)

Formation Requise

• Master ou Doctorat en sciences animales avec développements en machine Learning OU
• Master ou Doctorat en science des données avec développements en sciences animales.

Connaissances Requises

• Maîtrise de Python et/ou R pour programmation et analyse
• Compétences en machine learning/ intelligence artificielle/ science des données
• Gestion de données expérimentales issues d’outils de phénotypage à haut débit
• Bonne communication orale et écrite en français et en anglais.

Aptitudes Recherchées

• Autonomie, sens de l’organisation, rigueur
• Compréhension des logiciels d’annotation de comportement (BORIS)
• Connaissance du répertoire des comportements des poulets de chair et/ou animaux de rente
• Capacité à valoriser des résultats de recherche par des publications scientifiques.

Qualité de vie à INRAE

• jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d’un soutien à la parentalité : CESU garde d’enfants, prestations pour les loisirs
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle
• d’un accompagnement social : conseil, écoute, aides et prêts sociaux
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel
• d’activités sportives et culturelles
• d’une restauration collective.

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. À ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.