Ingénieur-e biologiste en analyse de données (H/F)

RESPONSABILITÉS :

Missions

Notre groupe a accès à des données cliniques et à plusieurs données omiques longitudinales multiples (métabolome, lipidome, protéome) pour deux grandes cohortes françaises de patients gravement malades. Les missions de l'ingénieur seront de :

· caractériser l'effet de la pneumonie sur chaque omique,

· réaliser une intégration multi-omique

· évaluer si les signatures identifiées, par exemple la reprogrammation métabolique ou lipidique, sont associées à des événements cardiovasculaires ultérieurs.

Le candidat retenu sera chargé des analyses bioinformatiques du séquençage immunologique, de l'interprétation des analyses multi-omiques et de la rédaction d'un manuscrit.

Activités principales

· Concevoir, Développer, déployer et maintenir des méthodes d'analyses de données omiques :

Faire une revue de littérature, choisir des outils, les tester, les déployer sur le cluster d'analyse, les maintenir à jour et les utiliser dans le cadre de projets de recherche en cours au sein de l'équipe.

· Analyser des données de lipidomique, métabolomique et protéomique :

Controler la qualité, nettoyer, ordonner, normaliser, comparer les données et représenter les résultats scientifiques.

· Interagir avec les autres membres de l'équipe :

Discuter des choix méthodologiques, des résultats. Acquérir les connaissances sur le contexte biologique nécessaires à chaque projet. Participer à la valorisation des résultats, dont lors de la rédaction des publications scientifiques.

RETROUVEZ LA FICHE DE POSTE EN INTEGRALITE : https://www.univ-nantes.fr/universite/recrutement/nantes-universite-recrute-un-e-ingenieur-e-biologiste-en-analyse-de-donnees-cr2ti

PROFIL RECHERCHÉ :

• Versant : Fonction publique d'État
• Type de recrutement : Catégorie A, contractuel·le, CDD plus de 6 mois (article L.332-2,3 du CGFP)
• Formation et/ou qualification : Doctorat (ou qualification équivalente) en bioinformatique.

Un diplôme supplémentaire en biologie serait un atour pour l'intégration translationnelle du projet.

Un très bon niveau en langage de programmation (Python ou R) est attendu.

• Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste : Une expérience ayant permis l'acquisition d'un solide savoir-faire en bio-informatique (langages de programmation, modélisation statistique, analyse prédictive et intégration de données omiques (métabolome, protéome, microbiome, transcriptome), d'une bonne expertise en immunologie et la capacité à travailler en équipe multidisciplinaire est bienvenue.

La publication d'articles dans des journaux scientifiques reconnus en tant que principal auteur sera appréciée.