Ingénieur-e bioinformaticien-ne / Bio-Computing expert_027_SJ - H/F

Description

Nous recherchons un.e ingénieur.e bio-informaticien.ne pour rejoindre notre consortium CellPath. Un financement de 18 mois est disponible dans l’équipe Jarriault (IGBMC, Strasbourg) et le travail sera réalisé en collaboration avec l’équipe Heinrich (SBRI, Lyon).

Le consortium travaille sur la plasticité cellulaire et la capacité des cellules différenciées à changer d’identité, dans le cadre du phénomène de reprogrammation directe ou transdifférenciation. Nous étudions la trajectoire de transdifférenciation rectale-vers-neurone observée naturellement chez C. elegans et la comparons à une trajectoire gliale-vers-neurone dans un modèle murin afin d’extraire les mécanismes communs.

Missions

• Prise en charge du transfert et stockage des données brutes sur les serveurs des équipes.
• Mise en place d’un système d’archivage standardisé des analyses (protocoles, codes, paramètres clés) dans les équipes.
• Développement et mise en place d’outils d’analyse et d’interfaces utilisables par les chercheurs de l’équipe (omics, RNA‑Seq).
• Participation à la bio-analyse des données omics (RNA‑Seq surtout), contrôle qualité, analyse et interprétation – comparaison croisée entre modèles.
• Participation à la rédaction des sections spécialisées des articles.

Qualifications

• Connaissance des données de génomique et de bio-analyse.
• Maîtrise des outils d’analyse et de visualisation des données RNA‑Seq et idéalement DAM ID, ATAC‑Seq.
• Connaissance des méthodes d’analyse des données de génomique single cell et des méthodes de classification (ACP, K‑means, t‑SNE, PLS, etc.).
• Maîtrise de l’environnement Unix.
• Compétences en Bash, R, Python ou Perl.
• Connaissances approfondies en biologie.

Plus

• Expérience dans le développement de pipelines d’analyse de données.

Qualités requises

• Autonome et rigoureux.se, qualités relationnelles, goût pour le travail d’équipe et le partage des connaissances.
• Esprit d’initiative, curiosité, créativité technique.
• Maîtrise de l’anglais scientifique.