Ingénieur de recherche en bioinformatique (H/F)

Missions: Un poste d’ingénieur de recherche en bioinformatique est ouvert au laboratoire KidsCaN, sur la thématique des neurosciences du cancer appliquées à l’oncopédiatrie. Le laboratoire travaille sur les cancers pédiatriques d’origine embryonnaire, en particulier ceux touchant le système nerveux. Nous recherchons un ingénieur en bioinformatique avec une expertise solide en analyses omiques en particulier en épitranscriptomique sur cellules uniques et en protéomique.

Activités: Le/la candidat(e) travaillera sur l’intégration et l’analyse de jeux de données multiples, incluant mais ne se limitant pas à des données de sc/bulk RNASeq, sc/bulk ATACseq, transcriptomique spatiale et protéomique. Il assurera une veille technologique et scientifique en lien avec les thématiques de l’équipe liées aux technologies omiques. Il/elle sera également chargé d’organiser le stockage et la traçabilité des données omiques générées et traitées dans l’équipe.

Contexte de travail: L'équipe fait partie d'un environnement très dynamique et international au Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL) , donnant accès à des équipements de pointe (microscopie, cytométrie de flux, techniques omiques en cellule unique, …). Le CRCL comprend 26 équipes, totalisant environ 600 membres, et est affilié à l'Université Claude Bernard Lyon 1, à l'Inserm, au CNRS, au Centre Léon Bérard (CLB) et aux Hôpitaux Universitaires de Lyon (HCL) . La ville de Lyon offre une excellente qualité de vie pour les jeunes chercheurs et les familles, et est idéalement située à 2h de Paris, Marseille et des Alpes.

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde: 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Profil recherché

Competences:

• Expertise en analyse avancée de données omiques, en particulier en transcriptomique et épigénétique sur cellules uniques
• Connaissance en analyse de données de transcriptomique spatiale
• Maitrise du logiciel R
• Maitrise du langage Python ou similaire
• Maitrise de l’anglais

Contraintes et risques:

Présentation de Cnrs

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.