Ingénieur de recherche biologiste en analyse de données- AFZOONS_(H/F)

RESPONSABILITÉS :

Schistosomiases zoonotiques en Afrique: changement de paradigme – AfZoonS La lutte contre la schistosomiase repose principalement sur l'utilisation d'une seule molécule anti-helminthique : le praziquantel. Cette stratégie est mise en œuvre par des campagnes de traitement de masse ciblant les écoliers. Un écueil majeur est qu'elle ignore les réservoirs qu'ils soient humains (les adultes ou les enfants non scolarisés) ou animaux.
Depuis l'émergence de cette maladie en Corse du Sud et l'identification d'un pathogène hybride entre un parasite de l'Homme et un parasite de l'animal (bétail et rongeur) les craintes de transmission zoonotiques sont légitimement apparues. Ces parasites hybrides ont été détectés chez l'Homme dans tous les pays africains où ils ont été recherchés (Sénégal, Mali, Côte d'Ivoire, Bénin, Cameroun...). Chez l'animal, ils ont été identifiés chez les rongeurs (Sénégal et au Bénin) et chez les bovins (Malawi, Bénin). Le projet ANR AfzoonS (AFrican ZOONotic Schistosomiasis: a paradigm shift) vise à étudier cette transmission potentiellement zoonotique dans le village de Kessounou, au sud du Bénin, où des parasites hybrides ont été retrouvés simultanément chez l'Homme, les bovins et les rongeurs. Des parasites issus de chaque hôte seront soumis à une analyse de génomique des populations par séquençage RADseq (Restriction site Associated DNA sequencing). L'objectif sera d'analyser la dynamique et les flux de genes entre parasites échantillonnés dans les différents compartiments : homme, rongeurs et bovins. In fine, ces données de polymorphisme issues des parasites échantillonnés chez l'homme seront mises en relation avec la sévérité de la maladie.
Le(la) post-doctorant(e) / ingénieur(e) de recherche recruté(e) aura pour objectif de réaliser la préparation des échantillons pour le séquençage (extraction d'ADN et construction des banques RAD) ainsi que l'analyse des données génomiques issues du séquençage haut débit (assemblage des données et alignement sur génome de référence ; appel de variants (SNP, Indels) ; calcul d'indicateurs du polymorphisme génétique ; délimitation des groupes génétiques, etc).
La personne recrutée pourra également travailler sur d'autres données de génomique des populations déjà disponibles au laboratoire.
La personne sera également amenée à contribuer à l'analyse de données de transcriptomique de parasites obtenues à partir d'infections expérimentales. Des missions de terrain, en Afrique, pourront être réalisées.

PROFIL RECHERCHÉ :

Date de clôture des candidatures : 30 novembre 2025
Prise de poste : 5 janvier 2026
Docteur en biologie
Contrat de travail à durée déterminée, selon le profil du candidat retenu :
- Ingénieur de recherche biologiste en analyse de données (A1A41), ou
- contrat post-doctoral Connaissances :
• Doctorat en biologie évolutive, génomique des populations, bio-informatique, ou disciplines connexes.
• Bonnes connaissances en génétique et/ou génomique des populations.
Savoir-faire :
• Solide expérience en bio-informatique appliquée à la génomique (utilisation d'un cluster de calcul et/ou environnement Galaxy, analyse de séquences, pipelines de traitement de données, statistiques associées).
• Une expérience sur des jeux de données RAD serait un fort atout
• Une expérience de l'analyse de données fonctionnelles (transcriptomique, génomique) serait un plus.
Savoir être :
• Capacité à travailler en autonomie, tout en intégrant une équipe pluridisciplinaire.
• Excellentes compétences en communication scientifique écrite et orale (anglais indispensable).
Temps de travail : Le protocole sur le temps de travail en vigueur à l'UPVD prévoit un temps de travail effectif de 37h30 hebdomadaires et 57 jours de congés annuels.
Rémunération : La nature du contrat de travail conclu sera conditionnée par des caractéristiques spécifiques au candidat retenu :
1/ si le candidat remplit les critères requis, un contrat post doctoral sera signé.

- rémunération brute fixée par décret 2 385€
2/ sinon, il s'agira d'un contrat de travail, de type contrat de projet rémunéré en fonction de la grille de rémunération des IGR 1er échelon, INM 465 exclusivement :

• 1ère année, rémunération brute 2 310 €
• 2ème année, rémunération brute 2 487 €
Conditions de diplôme : Niveau 8