Ingénieur d’étude bio-informaticien H/F en épidémiologie des eaux usées

Missions:

Missions: L'ingénieur d'étude (H/F) intègrera l'équipe de virologie moléculaire de l'UMR 9002 du CNRS localisée à l'IUT Louis Pasteur. Il/elle contribuera au développement de techniques de suivi, d’identification, de quantification, et de séquençage des pathogènes dans les eaux usées. Il/elle assurera le traitement et l'analyse bio-informatique des données de séquençage. Il/elle contribuera également aux travaux de mise en place d’une aquathèque d’eaux usées, dans le cadre de la plateforme d’épidémiologie des eaux usées OBEPINE+.

Activités:

• Développement technique, validation et mise en œuvre de techniques de séquençage, de détection et d’identification de pathogènes dans les eaux usées
• Contributions aux travaux sur la stabilité des échantillons d’eaux usées et leur compatibilité avec le séquençage en fonction du mode de stockage.
• Contribution à la mise en place d’un système de gestion des métadonnées associées aux échantillons de l’aquathèque.
• Mise en place de collecteurs et collecte d’échantillons
• Analyse des résultats et coordination des rendus au consortium OBEPINE+ avec la cheffe de projet.

Contexte de travail:

Le laboratoire de virologie moléculaire de l’UPR-9002 du CNRS est localisé à l’IUT Louis Pasteur de Schiltigheim. L’ingénieur (F/H) sera placé sous la responsable de thématique «WBE- Wastewater-based epidemiology». Le groupe WBE compte 5 collaborateurs, dont une étudiante en thèse, une ingénieure d’étude et une technicienne. Le groupe accueille également des stagiaires de master et de BUT.

Dans le cadre du projet Obépine+ le laboratoire collabore avec une dizaine d’autres partenaires en France avec lesquels l’ingénieur•e recruté•e devra interagir, collaborer et communiquer. La personne recrutée bénéficiera des avantages sociaux des personnels CNRS non permanents dont la restauration collective subventionnée, la prise en charge de titres de transports à hauteur de 75% et l'accès aux formations.

Profil recherché

Competences

• Leadership, communication et management de projets
• Maîtrise des techniques de séquençage long read et short read
• Analyse bio-informatique de données de séquençage
• Maîtrise des techniques de quantification par qPCR et dPCR
• Maîtrise des techniques de biochimie et de biologie moléculaire des acides nucléiques
• Bonnes pratiques de laboratoire
• Autonomie

Contraintes et risques

Les travaux avec des eaux usées nécessitent de respecter les bonnes pratiques de laboratoire et le port des équipements de protection individuels (EPI) adaptés.