Contribution du microbiote intestinal dans la susceptibilité aux colites induites par l'immunot[...]

Contexte et objectifs

Ces dernières années, l'utilisation d'anticorps monoclonaux inhibant les points de contrôle immunitaires (ICI) tels que CTLA-4 ou PD-1/PD-L1 a révolutionné le traitement de nombreux cancers. Toutefois, les réponses immunologiques à ces blocages induisent de fréquents effets indésirables, en particulier des colites pouvant s'apparenter aux maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (PMID ). La survenue de colites immuno-induites peut ainsi atteindre jusqu'à 50% des patients recevant une immunothérapie (PMID ), en interférant notamment avec les réponses lymphocytaires systémiques et mucosales. Au-delà du rôle clé bien démontré du microbiote intestinal vis-à-vis de l'efficacité antitumorale des ICI, il est désormais clairement établi que sa composition influence aussi grandement le risque de développer ce type de colites et leurs intensités (PMID ). Il est essentiel d'identifier les déterminants fonctionnels des taxons microbiens impliqués défavorablement (pathobiontes) et bénéfiques, susceptibles d'en limiter l'apparition (symbiontes), afin de les anticiper chez les patients mais aussi de les prendre en charge en modulant le microbiote.

In recent years, the use of monoclonal antibodies that inhibit immune checkpoints (ICIs) such as CTLA-4 or PD-1/PD-L1 has revolutionized the treatment of many cancers. However, the immune responses to these blockages induce frequent adverse effects, particularly colitis that can resemble chronic inflammatory bowel disease (PMID ). The occurrence of immune-induced colitis can thus reach up to 50% of patients receiving immunotherapy (PMID ), interfering in particular with systemic and mucosal lymphocyte responses. Beyond the well-demonstrated key role of the gut microbiota in the antitumor efficacy of ICIs, it is now clearly established that its composition also greatly influences the risk of developing this type of colitis along with its severity (PMID ). It is thus essential to identify the functional determinants of the microbial taxa involved in either adverse effects (pathobionts) and beneficial effects, which may limit such colitis occurrence (symbionts), in order to anticipate them in patients but also to manage them by modulating the microbiota.

Projet de recherche

Given the expertise acquired in the laboratory on the pro- and anti-inflammatory phenotypic diversity of numerous clinical bacterial isolates, the project will evaluate in particular

• (i) the consequences of the asymptomatic carriage of strains known for their pro-inflammatory potential, such as adherent and invasive strains of E. coli (AIEC) or other potential pathobionts of the Proteobacteria phylum;
• (ii) the impact of symbionts, including various anaerobic strains (Bacteroides spp, Bifidobacterium spp); and
• (iii) the efficacy of recognized commercial probiotics in this particular context of immune-induced colitis.

A special and original attention will be focused on investigating the role of inactivated microorganisms (parabiotics and postbiotics) (PMID: ) and the associated mechanisms in controlling these inflammatory responses. Finally, the possibility of performing microbiota transfers from patients treated with single or dual ICI immunotherapies, characterized by metagenomics, should enable the establishment of proof of concept for a mouse model predictive of immune-induced colitis. This translational and collaborative project lies at the interface between fundamental and applied research, offering promising clinical prospects both in the prediction of adverse effects and in their prevention via interventional strategies that modulate the gut microbiota.

Informations pratiques

Début de la thèse : 01/10/2026

Funding category: Contrat doctoral

Concours pour un contrat doctoral

Expérience souhaitée

Expérience souhaitée en microbiologie et en immunologie. Des connaissances de l'écosystème intestinal et des pathologies inflammatoires seraient appréciées. Le/la candidat(e) motivé et polyvalent s'impliquera dans l'expérimentation animale, les analyses transcriptomique et métagénomiques. Ce poste s'adresse à des candidats ayant une formation Master 2 en biologie moléculaire et/ou cellulaire et une expérience dans l'étude d'échantillons tissulaires et cellulaires murins/humains et leurs analyses in vitro (culture cellulaire, mesure de l'expression génique et protéique, immunohistochimie, …). Une formation en expérimentation animale serait un atout. Le/la candidat(e) s'intégrera aux problématiques de recherche de l'unité INFINITE U1286 Inserm – Université de Lille – CHU de Lille (Institute for Translational Research in Inflammation), dirigée par le Dr Laurent Dubuquoy, et participera aux projets développés par l'équipe du Workpackage 1. Cette équipe mène, en étroite collaboration avec l'Université de Lille et le CHU de Lille, une recherche translationnelle visant à mieux caractériser les mécanismes cellulaires impliqués dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI) et leurs prise en charge. Experience in microbiology and immunology is desirable. Knowledge of the intestinal ecosystem and inflammatory diseases would be appreciated. The motivated and versatile candidate will be involved in animal experimentation, transcriptomic and metagenomic analyses. This position is open to candidates with a Master's degree in molecular and/or cellular biology and experience in the study of murine/human tissue and cell samples and their in vitro analysis (cell culture, gene and protein expression measurement, immunohistochemistry, etc.). Training in animal experimentation would be an asset.