Contrat doctoral sur le suivi temporel de la biodiversité en Guyane Française (H/F)

Sujet de thèse

Contexte Le projet GENE-AMA, financé par la MITI du CNRS, vise à renforcer les capacités de suivi de la biodiversité amazonienne par génomique environnementale, en Guyane française, au Brésil et au Guyana. Il s’appuie sur les avancées du séquençage haut débit, notamment Oxford Nanopore, pour développer des approches locales, rapides et standardisées d’analyse de l’ADN environnemental. La thèse contribuera à la structuration d’un réseau d’observatoires génomiques pour le suivi temporel des écosystèmes amazoniens.

Mission

Développer, tester et comparer des approches de génomique environnementale pour le suivi multi-taxonomique et temporel de la biodiversité amazonienne. Produire des données, outils et protocoles reproductibles permettant de relier les variations de détection ADNe aux paramètres environnementaux et aux enjeux de conservation.

Activités

1. Activité 1: Développer les approches génomiques pour l’ADN environnemental

   • Participer à la conception et à l’évaluation d’un kit de capture multi-marqueurs et multi-groupes adapté à la biodiversité amazonienne.
   • Préparer les bibliothèques de séquençage et comparer des approches de metabarcoding, capture par hybridation et/ou capture digitale.

2. Activité 2: Produire et analyser des données de biodiversité temporelle

   • Contribuer au traitement bioinformatique des données de séquençage.
   • Analyser les variations temporelles des communautés détectées par ADNe et les mettre en relation avec des paramètres physico-chimiques et saisonniers.

3. Activité 3: Contribuer au suivi écologique et à la validation des approches

   • Appuyer la standardisation des protocoles d’échantillonnage mensuel sur les sites suivis en Guyane française, au Brésil et au Guyana.
   • Comparer, lorsque les données sont disponibles, les résultats ADNe avec des suivis indépendants de la biodiversité.

4. Activité 4: Valorisation et transfert

   • Rédiger des articles scientifiques et communiquer les résultats dans des conférences et ateliers du consortium.
   • Participer aux actions de formation et de transfert de compétences auprès des partenaires régionaux, en particulier sur les protocoles ADNe, le séquençage et l’analyse bioinformatique.

Activité encadrer et animer une équipe

Non concerné par un encadrement hiérarchique. La personne pourra toutefois contribuer à l’animation scientifique fonctionnelle du consortium et à l’accueil ponctuel de stagiaires, sous la responsabilité des encadrants.

Activité spécifique ou transverse

Participation à un projet international et interdisciplinaire associant écologie, génomique, bioinformatique, taxonomie, hydrologie environnementale et conservation. Contribution à l’harmonisation des pratiques et à la mise en réseau d’observatoires de biodiversité en Amazonie.

Compétences attendues

Savoirs / connaissances

• Écologie moléculaire, génomique environnementale et ADN environnemental.
• Biodiversité tropicale, écologie des communautés et e

Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr…

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde: 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Profil recherché

Contraintes et risques:

Présentation de Cnrs

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.