Contrat Doctoral en IA pour la régulation génique chez les plantes H/F

Sous la responsabilité de deux directeurs de recherche et co-encadrants de cette thèse, l’objectif de votre thèse sera de viser à prédire l'expression des gènes chez les plantes, en couplant des modèles de langage génomiques et l'apprentissage sur graphes de régulation génique (projet BioLLM-CRE).

Vos Activités Seront Les Suivantes

• Constituer un jeu de données de référence associant éléments cis-régulateurs et profils d'expression spatio-temporelle chez Arabidopsis et le riz.
• Évaluer des modèles de langage génomiques, généralistes et spécialisés plantes, pour la prédiction de l'expression, en les comparant à des approches d'apprentissage automatique classiques.
• Concevoir des modèles d'apprentissage sur graphes (GNN, Graph Transformers) intégrant ces représentations de séquence dans les réseaux de régulation génique.
• Interpréter les modèles pour identifier les modules régulateurs déterminants, et évaluer leur transfert vers d'autres céréales.
• Valoriser les résultats : publications, conférences internationales, rédaction du manuscrit de thèse.
• Diffuser le benchmark, le code et les modèles en open source.
• Participer à la vie scientifique de l'unité (séminaires, formations doctorales).

Votre future équipe

Vous rejoindrez un collectif interdisciplinaire de l'UMR DIADE associant bioinformatique et intelligence artificielle (modèles fondationnel en génomique) et biologie du développement racinaire. Vous aurez accès à des moyens de calcul intensif (GPU) et à un environnement de recherche international.

Conditions particulières d'exercice

Des déplacements ponctuels en France et à l'étranger (conférences, collaborations) seront à prévoir.

Le profil que nous recherchons

Vous Avez Développé Les Compétences Suivantes

• Maîtrise de Python et d'un framework d'apprentissage profond (PyTorch).
• Connaissances en apprentissage automatique et en deep learning (Transformers, apprentissage de représentations).
• Notions en apprentissage sur graphes (PyTorch Geometric, DGL) et en modèles de langage (Hugging Face) appréciées.
• Connaissances en génomique et en manipulation de données de séquençage (formats NGS, outils bioinformatiques).
• Anglais scientifique, à l'écrit comme à l'oral Niveau B2-C1.

Vous Faites Preuve Des Qualités Humaines Suivantes

• Curiosité scientifique et goût pour l'interdisciplinarité (informatique et biologie végétale).
• Autonomie et rigueur.
• Esprit d'équipe et aisance relationnelle.
• Capacités de synthèse et de rédaction.
• Persévérance et capacité d'adaptation.

Vous êtes titulaire d'un diplôme de niveau 7 (Master ou diplôme d'ingénieur) dans les domaines suivants : bioinformatique, informatique (IA, apprentissage automatique), biologie computationnelle.

L’IRD, au cours de votre parcours professionnel, vous accompagne dans le développement de vos compétences.

L’institut met à votre disposition un panel d’outils tel que le parcours digital d’intégration, l’accès à la formation permanente, à la promotion et la mobilité.

L’IRD offre, en fonction des activités, la possibilité de télétravailler de 1 à 3 jours hebdomadaires.

En Rejoignant L’IRD, Vous Bénéficierez

• De 32 jours de congés + 13 RTT (pour un temps plein à 38h30 hebdomadaire).
• Une restauration collective.
• Souscription annuelle (facultative) à l’Association des Œuvres Sociales : prestations vacances-loisirs et sportives-culturelles.
• D’une affiliation à la protection sociale complémentaire MGEN, offrant une couverture santé et prévoyance de qualité.
• D’un cadre de travail agréable, proche de la nature, desservi par le Tram ligne 5 et accessible en vélo et bénéficiant d’un système de co-voiturage (convention mobilité signée avec la métropole).

Nos recrutements sont fondés sur les compétences, sans distinction d’origine, d’âge ou de genre et tous nos postes sont ouverts aux personnes en situation de handicap.