Bioinformaticienne / Bioinformaticien

Le CHU de Dijon recrute un bioinformaticien pour les services de microbiologie-agents transmissibles et pathologie moléculaire. Vous mettrez au point des outils et solutions bioinformatiques permettant d’organiser, de comparer, d’analyser, et de diffuser des données biologiques. Les différentes activités et périmètre du poste :

• Analyse en génomique comparative, identification d’espèces
• Assemblage, orfing et annotation de données issues de séquençage à haut-débit
• Détection de variations constitutionnelles et somatiques à partir de données de séquençage à haut-débit
• Développement des logiciels, scripts et interfaces nécessaires à l’exploitation des données biologiques et médicales
• Développement de pipelines d’analyse, de méthodes d’automatisation des analyses
• Paramétrage des outils, logiciels, systèmes relevant de son domaine d’activité
• Mise en place de bases de données moléculaires
• Conseil aux décideurs concernant les choix, les projets, les activités du domaine d’activité
• Définition des prototypages et jeux d’essai
• Définition et réalisation d’interfaces homme-machine
• Identification de marqueurs génomiques de résistance aux antimicrobiens, de virulence ...
• Développement des progiciels et programmation nécessaires à l’exploitation des données biologiques et médicales incluant le développement de Pipelines d'analyse bio-informatique des données issues du séquençage haut débit (NGS)
• Savoir utiliser les outils, plateformes et pipelines d’analyses bioinformatiques déjà en place
• Formation de personnes aux techniques et procédures de son domaine, et à leur application
• Participation à la rédaction de publications scientifiques et médicales
• Participation et présentation de travaux dans des congrès scientifiques
• Recensement et analyse des besoins des utilisateurs, spécifiques à son domaine
• Traitement et analyse de l’information/données médicale et/ou biologique : extraction, regroupement, représentation graphique
• Veille scientifiqu...