Bioinformaticien(ne) (H/F) en génomique bactérienne

Bioinformaticien(ne) (H/F) en génomique bactérienne

CDD·Ingénieur autre·12 mois(renouvelable)Bac+5 / MasterPlateforme GenoBioMICS, Hôpital Henri Mondor - APHP·Créteil (France)

Génomique Métagénomique Génomique virale Pipeline Séquençage short-read Séquençage long-read NGS

Le Laboratoire de Bactériologie, en lien avec la plateforme de séquençage GenoBioMICS de l’hôpital Henri Mondor (APHP, Créteil), lance un projet de recherche d’envergure sur les infections à Nocardia (projet ANR). Ces bactéries environnementales responsables d’infections opportunistes graves présentent une taxonomie complexe et des profils de résistance antibiotique extrêmement variables. C’est dans le cadre de ce projet que nous recrutons un(e) Ingénieur(e) en Bioinformatique.

Les missions principales seront :

• La création/évolution de la base de données de génome des bactéries du genre Nocardia
• L’évaluation des logiciels d’identification reposant sur l’ANI (Average Nucleotide Identity)
• La recherche de gènes de résistance sur données génomiques par des approches conventionnelles (proximité de séquence nucléotidiques ou amino-acidiques par exemple) et par IA (texte, structurales notamment)

La plateforme GenoBioMICS propose un environnement de travail varié, avec des missions et des interactions transversales enrichissantes.